12 сентября 2013 г. в его дом ворвались 50 полицейских, вооружённых ордером на обыск, который выдал магистрат Ахери, небольшого города в Махараштре, для поиска украденной собственности. Они не нашли никакой украденной собственности. Вместо этого они забрали (украли?) его собственность. Его личный ноутбук, жёсткие диски и флешки. Через две недели Сухас Бавачхе, следователь по этому делу, позвонил д‑ру Саибабе и попросил у него пароли от жёстких дисков. Он дал им пароли. 9 января 2014 г. группа полицейских допрашивала его в его доме на протяжении нескольких часов. А 9 мая они похитили его. В ту же ночь они отправили его самолётом в Нагпур и оттуда привезли в Ахери, а потом обратно в Нагпур в конвое из джипов и броневиков в сопровождении сотен полицейских. Его посадили в центральную тюрьму Нагпура, в печально известную «камеру Анда», и он стал одним из трёх сотен тысяч других подследственных, которыми забиты тюрьмы нашей страны. В ходе всего этого драматического представления была повреждена его инвалидная коляска. Д‑р Саибаба, что называется, «на 90 % инвалид». Чтобы его физическое состояние не ухудшилось ещё больше, он нуждается в постоянном уходе, физиотерапии и приёме лекарств. Несмотря на это, его посадили в обычную камеру (где он всё ещё остается), где некому ему помочь даже воспользоваться ванной. Ему приходится ползать на своих четырёх. Всё это не подпадает под определение пыток. Конечно, нет. Огромное преимущество государства над данным заключённым состоит в том, что он не равен другим заключённым. Его можно жестоко пытать, возможно даже убить, не коснувшись пальцем.
На следующее утро газеты в Нагпуре вышли с фотографиями до зубов вооружённых полицейских Махараштры на первых страницах, которые гордо позировали рядом со своим трофеем — страшным террористом, военнопленным профессором в сломанной инвалидной коляске.
Ему предъявили обвинение по ЗОПД, пункт 13 (участие/оправдание/подстрекательство/поощрение совершения противоправной деятельности), пункт 20 (членство в террористической группе или организации), пункт 38 (связь с террористической организацией с намерением содействовать её деятельности) и пункт 39 (поиск поддержки и выступления на собраниях с целью приобретения поддержки для террористической организации). Его обвинили в том, что он передал компьютерный чип Хему Мишре, студенту Делийского университета, для того, чтобы тот передал его товарищу Нармаде из КПИ (маоистской). Хема Мишру арестовали на железнодорожной станции Балларшах в августе 2013 г. и он сидит в нагпурской тюрьме вместе с д‑ром Саибабой. Трое других обвиняемых в этом «заговоре» освобождены под залог.
В списке серьёзных преступлений, перечисленных в обвинительном заключении, значится тот факт, что д‑р Саибаба был одним из секретарей Революционного демократического фронта (РДФ), организации, которая запрещена в штатах Орисса и Андхра-Прадеш по подозрению в том, что она является «фасадом» маоистской организации. Она не запрещена в Дели. Или в Махараштре. Президентом РДФ является широко известный поэт Варавара Рао, который живёт в Хайдарабаде.
Процесс по делу д‑ра Саибабы ещё не начался. Когда он начнётся, то, скорее всего, займёт несколько месяцев, если не лет. Вопрос заключается в том, сможет ли человек, который на 90 % инвалид, выжить так долго в ужасных тюремных условиях?
За год, который он провёл в тюрьме, его физическое состояние резко ухудшилось. Он испытывает постоянную, мучительную боль. (Тюремное начальство услужливо описало это как «вполне нормальное» состояние для жертв полиомиелита). Его позвоночник деформировался. Он согнулся и давит на лёгкие. Его левая рука отказала. Кардиолог в местной больнице, куда тюремное начальство привезло Саибабу на обследование, попросил срочно сделать ему пластическую операцию на сосудах. Если такая операция будет проведена, учитывая его состояние и тюремные условия, то прогноз неутешителен. Если нет и он останется в тюрьме — то же самое. Снова и снова тюремное начальство запрещает давать ему лекарства, которые нужны не только для поддержания его здоровья, но и жизни. Когда же они разрешили ему принимать лекарства, то они не позволили ему соблюдать специальную диету, которую требуют эти лекарства.