Решив во что бы то ни стало овладеть Гоа, д’Альбукерк собрал мощную армаду. Он потребовал даже, чтобы в походе на Гоа приняли участие торговые корабли, пришедшие в Индию за пряностями. 10 августа 1510 года д’Альбукерк созвал по этому поводу военный совет командиров, купцов и капитанов кораблей, стоявших в Кочине. До нас дошел протокол этого совета. В длинном списке участников упоминается и Магеллан. В противоположность остальным командирам, принимавшим участие в совете, против имени Магеллана не указано ни должности, ни звания, но зато подчеркнуто, как резко выступил Магеллан против проекта д’Альбукерка. Протокол военного совета гласит: «Фернао де Магальяеш сказал, что, по его мнению, капитан-командир не должен брать в Гоа торговые суда, потому что тогда они не смогут в этом году уйти в Португалию. Уже близко 12 октября, а это значит, что, если даже плыть самой короткой дорогой, не заходя ни в Каннанор, ни в какой другой порт, ранее 8 ноября невозможно довести флот до Гоа, ибо ветры ныне противные. Теперь относительно команды: пусть его светлость скажет, будет ли хорошо, если и они должны будут плыть туда? Ему [Магеллану] кажется, что их брать не стоит, ибо тогда у них не хватит времени ни потратить деньги, ни сделать все необходимое для плавания. И это сказал Фернао Магальяеш».
Д’Альбукерк поступил, конечно, по-своему, и купеческие суда, которые он заставил повести к стенам Гоа, не успели вовремя отплыть в Португалию. Магеллан оказался прав, но д’Альбукерк не простил ему этого. В страшном уличном бою в Гоа Магеллан, как всегда, сражался в первых рядах, но не получил никакой награды, ибо д’Альбукерк не забыл кочинского военного совета.
Поведение Магеллана на этом совете свидетельствует не только о том, что он превосходно знал режим ветров в западной части Индийского океана, но и о том, что он хорошо понимал нужды торговли.
Некоторые биографы считают, что Магеллан сам был в какой-то степени заинтересован в торговых делах.
Основанием для такого утверждения послужило его выступление в защиту купцов на военном совете в Кочине, а также сохранившийся до наших дней договор, заключенный Магелланом 2 октября 1510 года (то есть за восемь дней до созванного д’Альбукерком военного совета) с неким португальским купцом Педро-Аннеш Абральдежем. Согласно договору, Магеллан давал этому купцу деньги на покупку перца, а в Португалии Абральдеж должен был вернуть ему часть вырученной прибыли.
Подобный договор был довольно обычным явлением. Португальские воины имели право ежегодно отправлять бесплатно на родину определенное количество товаров на королевских судах. Это право они обычно перепродавали купцам. Судя по всему, Магеллан поступил так же. Кроме того, он доверил Абральдежу свои индийские сбережения, что также практиковалось среди португальских моряков.
Но одна фраза договора представляет большой интерес. Магеллан назван там «
Итак, о последних годах индийской жизни Магеллана известно сравнительно мало. Несмотря на то, что Магеллан еще несколько лет провел в Индии, служил под знаменами д’Альбукерка и совершал боевые подвиги, имя его почти не встречается в документах той эпохи.
Овладев Гоа, д’Альбукерк спокойно и методично вырезал все мусульманское население города. Четыре дня шла охота на людей. Были убиты все женщины и дети. Пленников было немного, но и тех д’Альбукерк приказал уничтожить. Их заперли в мечеть и сожгли.
Покончив с мусульманским населением Гоа, д’Альбукерк приступил к очистке города от трупов и развалин, к укреплению стен и башен. Поставив своей задачей превратить Гоа в столицу Португальской Индии, он начал строительство жилых домов, факторий и церкви, чеканил монету, сооружал корабли.