Одно из ранних помещений подобного рода освящено в XIII веке в честь Фомы Кентерберийского. Спустя два столетия, после перехода в собственность герцога Альваро де ла Луна, оно было расширено и переделано в манере поздней готики. Преобразив интерьер, новый владелец решил сменить покровителя, посвятив свое приобретение первородному сыну Иакову. Благодаря мавританским мотивам, в частности звездообразному куполу, полумесяцам в фамильных гербах, резной решетке и тонкому сплошному орнаменту, старинная капелла обрела фантастически праздничный характер. Долгое время она служила усыпальницей рода де ла Луна, а первым здесь был похоронен родоначальник семейства, всемогущий министр короля Хуана II, закончивший жизнь на плахе. Немного позже место рядом с Альваро де ла Луна заняла его супруга Хуана Пиментель. Их великолепные гробницы исполнил скульптор Пабло Ортис по заказу дочери герцога.
Бурная жизнь покойного, его стойкость во время казни не раз становились сюжетной основой литературных произведений и, безусловно, нашли отражение в скульптуре усыпальницы. Если герцогиню символически охраняют монахи-францисканцы, то вокруг герцога расположились сторонники – коленопреклонные рыцари и верный паж со шлемом господина в руке. После смерти последнего де Луна капелла стала именоваться по названию ордена Сантьяго, к которому принадлежал Альваро. О военных пристрастиях герцога свидетельствует форма помещения: в законченном виде, со сторожевой башней и венчающими карниз зубцами оно стало походить на крепость.
Совсем другой вид имеет еще одна готическая капелла собора, посвященная Святому Бласу. Она является местом захоронения толедского архиепископа Педро Тенорио. Росписи потолка и стен здесь выполнены в праздничной манере Джотто ди Бондоне. Статуя, изображающая погребенного, лежит на саркофаге, который держат шесть мраморных львов. Такие композиции в эпоху Возрождения заказывали для себя правители Италии. Однако автором скульптуры все же является испанец, может быть обучавшийся у итальянских мастеров. Судя по сходству почерка, он принимал участие в создании капеллы Святого Ильдефонса, где на таких же львах покоится кардинал Хиль де Альборнос. Известно, что он делал распоряжения по устройству своей гробницы, благодаря чему она обрела черты торжественной роскоши, характерной для стиля высокой готики. Главный алтарь в этой капелле сделан в XVIII веке, когда в Испании появились первые памятники неоклассицизма. Священное место отделано мрамором, бронзой и яшмой, живописное сочетание которых любили и часто использовали местные скульпторы в эпоху Просвещения.
Создатель капеллы Новых королей после завершения работы получил звание архитектора собора. Он решил перекрыть просторное помещение тремя пролетами готических звездообразных сводов, таким образом получив своеобразную корону из листьев и цветов. Арка входа по бокам украшена статуями герольдов и опирается на колонны с пьедесталами, украшенными гротесками, или орнаментом, в котором причудливо сочетаются изобразительные и декоративные мотивы, например растения, животные, люди, маски. По эскизам Алонсо Коваррубиса исполнены гробницы королей, правивших во времена позднего Средневековья: Генриха II и его жены Хуаны, Генриха III и его жены Катерины Ланкастерской, Хуана II и его жены доньи Элеоноры. Зодчий поместил гробницы в ниши, также мастерски украшенные орнаментом, арками, пилястрами, гротесками. Над сооружением парят ангелы, держа в пухлых руках надгробные надписи для каждого короля.
Кроме капелл, к основному зданию собора примыкает ряд помещений, предназначенных для служителей. Раньше специальные комнаты отводились для богослужений, совещаний, организации торжественных шествий, отдыха высокопоставленных гостей, в число которых входили короли и папские нунции. В зале капитула регулярно собирались лица, составлявшие аппарат управления собора. В сакристии, аналогичной ризнице православного храма, хранились драгоценные культовые предметы. Красивым словом «саграрио» обозначалась сокровищница. За тяжелыми дверями реликвария Очаво скрывались от нескромного взора самые почитаемые святыни – мощи и принадлежавшие святым вещи. В гардеробной-вестиарио стояли большие сундуки, где были сложены облачения священников и статуй. Для испанского духовенства парадную одежду шили из златотканых тканей, дополняя сверкающими вышивками тонкой работы. Здесь изваяния одевались в настоящие наряды, правда, по особым дням, зато гораздо роскошней, чем живые служители культа. В расшитые драгоценными камнями и жемчугом платья облачали Богоматерь, голова которой обычно украшалась короной с крупными рубинами, сапфирами и смарагдами.
Почти все капеллы собора отделены друг от друга и остальных помещений решетками. Исполненные с большим вкусом, они выкованы в основном из бронзы и отличаются разнообразными по сюжету и стилю рисунками в соответствии с декором помещения. Высоким мастерством удивляют решетки главного алтаря, относящиеся к творчеству известного мастера де Вильяльпандо.