О нравственном и политическом влиянии Патканяна на юного Налбандяна можно судить по тому, что, когда Аштаракский, с целью отстранения Патканяна от политической жизни Новой Нахичевани, в 1846 г. перевел его в Тифлис, Налбандян сопровождал своего учителя до самой столицы Закавказья. Именно ему Патканян поручил руководство борьбой нахичеванских демократических слоев против Халибова и Аштаракского.
В том же году благодаря усилиям Патканяна и его сторонника начальника нахичеванско-бессарабской епархии армянской церкви епископа Вегапетяна Налбандян получил должность дьячка Нахичеванской церкви, а в 1847 г. — должность секретаря епархии. Это давало ему реальную возможность оказывать влияние на демократическое движение нахичеванцев. Резиденция нахичеванско-бессарабской епархии находилась в Кишиневе, и Налбандяну в силу его должностных обязанностей приходилось совершать частые и длительные поездки по югу России. Эти поездки позволили ему воочию увидеть тяжелую жизнь трудящихся разных национальностей, обогатили его социальный опыт и придали ему еще большую уверенность в справедливости борьбы против Халибова, которую он возглавил в своем родном городе.
По-видимому, в конце 40-х — начале 50-х годов Налбандян познакомился с идеями В. Г. Белинского и А. И. Герцена. Известно, что Белинский, путешествуя по югу России, в 1846 г. побывал в Одессе, Кишиневе, что не могло пройти незамеченным для Налбандяна, часто посещавшего эти города. Не случайно в этот период он переходит от обвинения Халибова, Аштаракского и их приспешников в присвоении крупных церковных сумм Нахичевани и окрестных сел к организации крестьянского движения за возврат свыше 67 тысяч десятин захваченных богатеями земель трудящихся. Налбандян был автором обвинительных документов, которые придавали движению организованный характер. Дело дошло до столкновения с полицией, но, несмотря на карательные операции местных властей, крестьяне не отступили. Борьба увенчалась успехом. Государственный Совет России оказался вынужденным на основании представленных Налбандяном документов принять решение о возврате земель крестьянам.
Эти факты из жизни Налбандяна показывают, что к концу 40-х — началу 50-х годов он вдохновляется гораздо более радикальными идеями, чем те, которые мог ему внушить Г. Патканян. Его мировоззрение приобретает ярко выраженный антикрепостнический характер.
Документы и письма Налбандяна, в которых он поддерживал движение своих земляков и разоблачал грязные махинации и антинародные действия высшего духовенства армянской церкви и богатеев Новой Нахичевани, попали в руки его врагов. Католикос вызвал «дерзкого» юношу в свою резиденцию в Эчмиадзин. Однако, зная повадки Аштаракского, сыгравшего не последнюю роль в безвременной гибели писателя-демократа. просветителя Хачатура Абовяна, Налбандян решает оставить Нахичевань и 14 июня 1853 г. тайно выезжает в Москву.