Фонвизин внял предупреждению своего бывшего начальника: он окончательно поселяется в своем имении и вскоре женится на Наталье Дмитриевне Апухтиной, разделившей с ним впоследствии долгие годы сибирского изгнания. Она была той удивительной женщиной, с которой «образован» Пушкиным «Татьяны милый идеал...». Прошло около двух лет. Фонвизин много работал, писал политические статьи. Изредка посещал важнейшие совещания тайного общества. Узнав о выступлении декабристов на Сенатской площади Петербурга, он тотчас едет в Москву, где намеревается поднять войска, чтобы парализовать действия лиц, способных противодействовать успеху восстания. Однако неудача в Петербурге сделала ненужным содействие московской группы.
Начались аресты... Фонвизин был арестован 9 января 1826 г. в своем имении на глазах у беременной жены. А через два дня император Николай I написал в письме к брату Константину Павловичу: «Наши аресты идут своим чередом. Ко мне только что привезли сегодня Фон-Визина, личность довольно значительную» (цит. по: 40, 45). Во время следствия Фонвизин вел себя мужественно, как подобает настоящему конспиратору: от него царь не узнал ни одного нового имени, ни одного нового сведения. Верховный уголовный суд признал его виновным в том, что он «умышлял на цареубийство согласием... и участвовал в умысле бунта принятием в Тайное общество членов». Приговор гласил: 15 лет каторжных работ, затем — вечное поселение в Сибири. В 1827 г. срок каторжных работ для него был сокращен до восьми лет.
Выйдя на поселение, Фонвизин добился после долгих хлопот разрешения проживать в Тобольске, куда и переехал с семьей в августе 1838 г. Располагая большими средствами, Фонвизин жил в достатке, но тягостная бездеятельность, постоянный строгий надзор и невозможность участия в общественной жизни доставляли ему неимоверные нравственные страдания. Особенно тяжело было сознавать, что наступила «политическая смерть». Под влиянием мрачных дум Фонвизин решается просить императора о переводе в действующую армию. 14 декабря (!) 1839 г. он обращается с письмом к генерал-губернатору Западной Сибири князю П. Д. Горчакову: «Имея в виду высочайшую Е. И. В-ва милость, — писал Фонвизин, — оказанную некоторым из моих товарищей определением их на службу рядовыми в отдельный Кавказский корпус, и несмотря на мои немолодые лета, чувствуя в себе желание и силы служить и переносить трудности боевой жизни, беру смелость беспокоить Вас моею всепокорнейшею просьбою об исходатайствовании мне той же высочайшей милости: определения меня на службу рядовым в отдельный Кавказский корпус» (58, 69). Император, разумеется, не изъявил своего высочайшего согласия на эту всепокорнейшую просьбу бывшего генерала!
Живя в Тобольске, Фонвизин прилагал немало усилий, чтобы облегчить жизнь ссыльных декабристов. «Михайло Александрович,— писал В. К. Кюхельбекер в письме к С. П. Трубецкому от 12 апреля 1845 г., — и по сю пору сохранил что-то рыцарское» (45, 474). Он и его жена первыми обласкали и приветили петрашевцев, сосланных под надзор «сибирских пашей и сатрапов». «После этого, — писала Наталья Дмитриевна одному своему родственнику, — нам уже невозможно было не принимать живейшего участия во всех этих бедных людях и не считать их
В Тобольске Фонвизин много и плодотворно занимался научными исследованиями и переводами. Он выписывал русские и иностранные газеты, журналы и книги, был прекрасно осведомлен о политических событиях в России и на Западе. Из чтения и размышлений по поводу этих событий рождались статьи и исторические очерки. «Когда меня занимает какой-нибудь вопрос, политический или философский, — писал он Оболенскому, — то, чтобы уяснить его себе, я изложу его письменно, после же обыкновенно бросаю в печь мои замечания» (цит. по: 62, 307).