Русское руководство чувствовало затаившуюся в башкирской глухомани опасность для своих интересов и всячески старалось укрепить собственное положение. С его легкой руки башкиры были разделены на волости, которые образовали 4 дороги (то есть части): сибирскую, казанскую, ногайскую и осинскую. По рекам Волге, Каме и Уралу появилась сеть укрепленных поселений – городов. Некоторые из этих городов становились центрами уездного или областного управления, которым подчинялись и бывшие иностранцы, приписанные к данному уезду.
Коренные башкиры вошли в состав казанского, уфимского, кунгурского и мензелинского уездов. Города и уезды сообщались между собой большей частью по рекам, но кое-где прокладывались и сухопутные дороги, состояние которых, однако, оставляло желать лучшего. В каждой отдельной области город с подведомственными ему поселениями разделял иностранное население на части и не допускал, чтобы эти части соединились в прежнее единое целое. Тут стоит вспомнить крылатую фразу «Разделяй и властвуй», бытовавшую еще в Риме. Что ж, разобщенными людьми легче управлять, и правители никогда об этом не забывали.
С той же целью при российском императоре Алексее Михайловиче города, построенные по линии Ерыклинск – Тиинск – Билярск – Новошешминск – Заинек – Мензелинск, были заселены пленными поляками. Но этого оказалось недостаточно для полного разобщения башкир. Муллы, выходцы из бывшего Казанского царства, подстрекали башкирское население к бунтам. Масла в огонь подливали бесконечные поборы воевод и беспардонные захваты башкирских земель российскими ставленниками.
Таким образом, уже в первой половине XVII века на башкирских землях начинаются серьезные антиправительственные волнения. Напрасно Соборное Уложение 1649 года запрещало покупку башкирских земель и даже их аренду на продолжительные сроки, напрасно отсылались царские указы о непритеснении башкир при сборе ясака – так называемый человеческий фактор сыграл свою роль. Центральное правительство было не в силах обуздать алчность и своеволие собственных управляющих на столь отдаленных участках. И беда не заставила себя долго ждать…
В 1662 году вспыхнуло восстание под предводительством крупных башкирских феодалов – Иш-Мухаммеда, Конкаса и других, стремившихся использовать в собственных корыстных целях недовольство народных масс захватом русскими на местах башкирских территорий, злоупотреблениями при сборе ясака и так далее. Поводом к нему послужило то, что царское правительство запретило башкирам совершать грабительские набеги на калмыков, с которыми они враждовали. Такое решение вряд ли было вызвано искренней заботой о благополучии калмыкского народа, а скорее стремлением утихомирить воинственных степняков и выставить себя в хорошем свете перед Европой, что для России также было немаловажным. Не секрет, что «дикие нравы» кочевых племен в так называемом цивилизованном мире шокировали многих. Причина этого, усугубленная памятью о татаро-монгольских завоеваниях, крылась главным образом в страхе перед их необузданной и неуемной мощью, время от времени порождавшей таких величайших деятелей, как Чингиз и Тимур. Это гуманистическое решение откровенно ущемляло интересы башкирских феодалов, ограничивая пополнение их казны. А уж от этого-то они отказываться вовсе не собирались. Потому и желанный покой в степи не наступил.
Восстание было кровопролитным, его конечной целью было ни много ни мало возрождение мусульманской независимости во всем Казанском крае и Сибири. Движение охватило как саму Башкирию, так и некоторые близлежащие территории. Для подавления восстания российская монархия направила в Башкирию значительные воинские силы. Тем не менее, справиться с бунтарями удалось только к лету 1664 года. Вслед за этим местным российским управленцам снова было строжайше запрещено притеснять башкир. Спокойствие в крае было восстановлено, но ненадолго.
В 1681–1683 годах произошло еще одно мощное восстание. Поводом к нему стали слухи о насильственной христианизации башкир и другого нерусского населения Поволжья и Приуралья. Кто мог распространять подобные слухи? Тот, разумеется, кому это было выгодно. А выгодно это было в первую очередь башкирской знати. И дальнейший ход событий это подтвердил.
Причины же конфликта, судя по всему, были старые. «Сколько волка не корми, он все равно в лес смотрит». Сколько не запрещай феодалам и воеводам грабить и обирать народ, при первой же подходящей возможности они возьмут свое. А козлами отпущения в обоих случаях будут простые люди.