Жизнь в Тобольске, в так называемом «Доме свободы», который был предоставлен царской семье и их свите, не была особо тягостной, пока однажды, во время рождественского богослужения 25 декабря, произошел инцидент, о котором рассказывается в книге следователя Соколова. В присутствии семьи бывшего царя диакон Покровского храма Евдокимов провозгласил «долгие лета» всему императорскому дому, чем привел в замешательство присутствующих. После этого епископ Гермоген был вынужден объясняться с местными органами власти; по городу пошли упорные слухи о готовящемся побеге царской семьи, и режим содержания узников был ужесточен.
После прихода к власти нового, большевистского, правительства страсти вокруг заключенной в Тобольске царской семьи продолжали накаляться. В конце января 1918 года Совнарком принял, как уже говорилось, решение об открытом суде над бывшим царем, главным обвинителем должен был выступить Лев Троцкий. Суд планировали провести в Петербурге или Москве, причем для того чтобы доставить туда бывшего царя, в Тобольск был направлен комиссар В. В. Яковлев (Мячин).
22 числа того же месяца комиссар Яковлев прибыл в Тобольск. От первоначального плана – вывезти из Тобольска семью в полном составе – пришлось отказаться, так как 12 апреля Алексей сильно ушибся и был не в состоянии самостоятельно передвигаться.
25 апреля Яковлев встретился с бывшим царем и официально объявил, что собирается увезти его одного. Николай попытался спорить, но Яковлев недвусмысленно напомнил о его статусе арестанта и пригрозил насилием или же отказом от исполнения собственных обязанностей, в результате чего могут прислать другого, менее гуманного человека.
По свидетельству очевидцев, ни пункт назначения, ни причина отъезда бывшему царю сообщены не были (по другой версии, именно тогда императора должны были привезти на суд в Москву, но что-то не сложилось, поэтому вынужденная остановка и была сделана в том самом злосчастном доме Ипатьева). Сам Николай придерживался мнения, что его собираются вынудить скрепить своей подписью Брестский мир, и резко протестовал против этого.
Александра Федоровна приняла решение сопровождать супруга. Неизвестно, как случилось, что к ним присоединилась Мария. Кроме жены и дочери, сопровождать царя в этой поездке должны были князь Валентин Долгоруков, доктор Боткин, камердинер Чемодуров и горничная Демидова. Впереди и позади экипажей двигалась охрана из отряда Яковлева с двумя пулеметами и восемью солдатами тобольского гарнизона.
Поездка заняла два дня. Яковлев спешил. Причины этой спешки, возможно, заключались в том, что Яковлев вел двойную игру, пытаясь под предлогом исполнения распоряжений большевистского правительства передать царя немцам, оккупировавшим в то время значительную часть Советской России. Это мнение подтверждается и современными исследователями, причем доказательством тому служит факт, что в дальнейшем Яковлев перешел на сторону белых. Сохранились также сведения о том, что уральские солдаты, которым показалась подозрительной та почтительность, с которой Яковлев держался по отношению к членам царской семьи, устроили засаду у села Иевлева, неподалеку от переправы через Тобол, чтобы при малейшем подозрении на измену с его стороны отбить узников.
26 апреля в 9 часов вечера кортеж прибыл в Тюмень. 27 апреля Яковлев разместил семью в вагоне первого класса, причем отделил царя от жены и дочери. По дороге стало известно, что в Екатеринбурге собираются силой задержать бывшего монарха. Яковлев, повернув назад, попытался прорваться к Москве через Омск. Сохранились воспоминания о его переговорах со ВЦИКом по прямому проводу и предложении, при невозможности прорваться к Москве, отвезти Романовых в Уфимскую губернию, откуда Яковлев был родом, и «спрятать в горах». Подобное, несколько авантюристическое предложение было отвергнуто, и комиссару было предложено доставить узников в Омск.
Но и это не удалось осуществить – на станции Куломзино состав был оцеплен отрядом красноармейцев, подчинявшихся приказам Уралсовета. Позднее следователь Соколов заподозрил, что и Свердлов, бывший непосредственным начальником Яковлева, также вел двойную игру, предполагая или передать Романовых в руки немцев, или – смотря по обстоятельствам – уничтожить. Эти самые обстоятельства и определили в итоге судьбу романовского семейства, а решение Уралсовета стало удобным предлогом, чтобы привести задуманное в исполнение.
Яковлев попытался еще раз переговорить с ВЦИКом из Омска, куда добрался, отцепив паровоз, и получил категоричный приказ не противиться переводу узников в Екатеринбург. В дальнейшем его солдаты были арестованы, но вскоре отпущены. Сам он вынужден был вернуться в Москву, так и не выполнив задания.