Следующее десятилетие в освещении темы Лжедмитрия I прошло под знаком громкого спора о происхождении самозванца, начатого Николаем Ивановичем Костомаровым в работе «Кто был первый Лжедмитрий?» (1864). Подвергнув тщательному анализу аргументацию правительственных грамот Бориса Годунова, обличавших «Ростригу», Н. И. Костомаров выявил в них немало противоречий. В итоге он сделал вывод о том, что «в то время не было доказательств, что царь был Гришка Отрепьев, расстрига, беглец Чудова монастыря»54. Проанализировав дальше «Извет Варлаама» (показания Варлаама Яцкого — одного из спутников Лжедмитрия, ушедшего с ним в Литву), сочинения иностранцев, Н. И. Костомаров, по сути, приходит к тому же выводу, что и С. М. Соловьев. Костомаров признает самозванца «творением боярской партии, враждебной Борису», и вслед за Соловьевым задается вопросом о «сознательном или бессознательном» самозванстве55. В этом наблюдения Н. И. Костомарова почти не отличаются от его предшественника. Разве что в костомаровском исследовании справедливо поправлено неосторожное высказывание С. М. Соловьева о том, что обманщик Лжедмитрий обязательно должен быть злодеем. Н. И. Костомаров при этом напомнил о самозванце другого рода — Иване Александровиче Хлестакове… Но общие выводы двух историков совпадали: «Царствовавший у нас в Москве под именем Димитрия был не настоящий Димитрий, но лицо, обольщенное и подготовленное боярами, партиею враждебною Борису». Лжедмитрий не был «истинным царевичем», он всего лишь верил в свое «царственное происхождение»56.
В дальнейшем, несмотря на возражения критиков, обратившихся к привычной версии о сознательном самозванстве Гришки Отрепьева57, Н. И. Костомаров стремился подвести читателя к мысли о том, что нет никаких оснований доверять официальной пропаганде царя Бориса Годунова. История Лжедмитрия была подробно изучена им с привлечением многих новых польских и русских источников в книге «Смутное время» (1868) и в специальном биографическом очерке «Названый Димитрий» (1874)58. Завершая этот очерк, Н. И. Костомаров высказывал прямые возражения против отождествления царя Дмитрия и беглого монаха. Мнение о «внутренней убежденности» Дмитрия в том, что он настоящий сын Ивана Грозного, историк считал вполне заслуживающим внимания. «Подготовлен» «названый Димитрий» был не московскими боярами, как считал С. М. Соловьев, а где-то в «польских владениях». Н. И. Костомаров удержался от окончательного ответа на вопрос о характере самозванства Лжедмитрия и прозорливо заметил: «Мы, однако, не должны слишком увлекаться блеском тех светлых черт, которые проглядывают не столько в его поступках, сколько в словах»59.
Со времени публикации работ С. М. Соловьева и Н. И. Костомарова начинается своеобразная историографическая «развилка» в изучении биографии Лжедмитрия. Все основные вопросы и заслуживающие внимания версии этими историками были сформулированы и обсуждены, а самозванец стал восприниматься как более сложный, вовсе не однозначно отрицательный герой русской истории. Это чутко уловил Алексей Константинович Толстой, представивший еще одного Григория Отрепьева на русской сцене в завершающей части своей драматической трилогии «Царь Борис» (1870). В его пьесе все участники угличского дела, окольничий Андрей Клешнин, старица Марфа — бывшая царица Мария Нагая, знают, что Дмитрий убит, уверены в преступлении Бориса Годунова, но согласны принять того, кто назвался именем царевича Дмитрия, чтобы он отомстил Годуновым. Петр Басманов, принимая награды от царя Бориса, отдает должное храбрости Вора и даже готов сравнить его со «сражающимся львом». Однако в финальном монологе Борис Годунов обращался к боярам с обличением любой лжи, даже во имя интересов царства:
В этом итог жизни царя Бориса в пьесе А. К. Толстого, а также — другой финал известной исторической драмы Лжедмитрия. Пришло время и для оперы М. П. Мусоргского, снова и снова знакомившей ее слушателей с почти запретным ранее историческим сюжетом. Музыкальные образы мятущегося Бориса Годунова, упоенного своей тайной Самозванца и надменной Марины Мнишек стали господствовать над самой подлинной историей.