Обстоятельства же дела были таковы, что приходилось выбирать между Агриппиной и Нероном, и это отлично понимал Сенека. Предпочесть Нерона было много причин. Как ни плох был Нерон, все же было лучше иметь императором его, чем женщину с ненасытным честолюбием, разнузданными страстями и без всякого стыда. Сверх того, Сенека был искренне предан Нерону. Сенека обладал мягким, привязчивым сердцем и за двенадцать лет неразлучной жизни с Нероном в качестве наставника успел искренне привязаться к своему воспитаннику и, хоть был о нем дурного мнения, любил его. Решимость Сенеки посоветовать совершить убийство скорее свидетельствует о его нравственной смелости, с какою он принимал на себя совет совершить то, что все равно было неизбежно. Посмертная клевета на Агриппину также была неизбежна, чтобы предотвратить народное движение.
Тем не менее, убийство Агриппины сильно потрясло философа. С этого времени светлый тон покидает его сочинения, и в них все чаще и чаще начинает звучать струна разочарования, которая к концу жизни, как мы увидим, доходит до резкого пессимизма. Вместе с тем Сенека начал мало-помалу удаляться от двора, тем более, что поведение императора не могло вызывать сочувствие, а влияние Сенеки на него ослабевало. Нерон стал выступать публично в роли певца и наездника, что, по тогдашним понятиям, было весьма неприлично. Дион Кассий, а с его слов и немецкие историки, рассказывают, что, когда Нерон выступал таким образом перед публикой, Сенека и Бурр должны были собирать толпу клакеров и, поднимая платья и начиная рукоплескать, подавали знак к овациям. Однако такой рассказ находится в полном противоречии как с тем, что рассказывают Тацит и Светоний, так и с общим характером Сенеки. Отрицать же достоверность показаний Тацита только оттого, что источником при составлении его “Анналов” служили записки одного из знакомых и друзей Сенеки, а источники Диона Кассия неизвестны, вряд ли имеет основание. Тацит рассказывает, что Сенека возбуждал неудовольствие Нерона, открыто порицая выступление императора на подмостках, и сам стал чаще писать стихи, как бы для того, чтобы указать Нерону, какого рода литературные произведения могут быть приличны государственному мужу. С другой стороны, в сочинениях Сенеки постоянно встречается крайне несочувственное отношение к театру, не только к гладиаторским боям, которые он называет варварством и убийством, но и к трагедии и комедии. Сам тон, которым говорит Сенека о театре, раздраженный, а его собственные трагедии с умыслом написаны так, чтобы их совсем нельзя было ставить на сцене.
Смерть Бурра, последовавшая в 61 году, возвестила окончательное падение Сенеки. Предполагали, что Бурр умер от отравы, посланной ему Нероном. В лице Бурра Сенека лишился последнего своего сотоварища и единомышленника при дворе, и ненавидевшая философа партия подняла голос. Наушники стали клеветать Нерону на Сенеку. Философа обвиняли в том, что он накоплял богатства, ища популярности в народе, что он хотел превзойти самого императора великолепием своих вилл и садов, уверяли, что Сенека имел претензию быть единственным красноречивым оратором своего века, что он стал чаще писать стихи с тех пор, как Нерон предался этому занятию, что Сенека – постоянный враг всяких развлечений цезаря, причем не только отрицает заслуги его в укрощении лошадей, но и смеется над его пением. Сенека хочет уверить, что все хорошие акты царствования принадлежат ему, а между тем Нерон уже не ребенок, и пора ему освободиться из-под надзора педантичного наставника.