Авторитет его настолько возрос, что летом 1491 года собратья-монахи избрали Савонаролу приором Сан-Марко. По традиции, каждый новый настоятель монастыря должен был являться с визитом вежливости к главе дома Медичи, который был покровителем обители. Савонарола отказался это сделать. Лоренцо, желая примирения, отправился на мессу в Сан-Марко. По выходе он задержался в саду, потом в клуатре, но Савонарола так к нему и не вышел. Рассказывали, будто Лоренцо взял с собой солидную сумму денег, которую хотел отдать приору на нужды монастыря, однако Савонарола этих денег не принял и велел раздать нищим. Лоренцо простил ему эту грубость, сказав, что так или иначе монах должен побуждать флорентийских граждан творить милостыню, и это очень похвально.
Чем дальше, тем больше Лоренцо думал о своем спасении. В самом начале 1492 года его свалила горячка. Жар не проходил. Лоренцо ужасно страдал. У него сильно болело все. Его медик Пьеро Леони уже и не знал, какое средство применить. На помощь к нему пришел знаменитый врач Лазаро да Павия, присланный от Лодовико Моро. Но и вдвоем они не могли помочь пациенту. Оставалось лишь следить за режимом и соблюдать элементарные правила гигиены. Они и не думали, что роковой конец уже близок.
Рядом с Лоренцо были его старшая дочь Лукреция Сальвиати, сестра Наннина Ручеллаи, старший сын Пьеро с женой Альфонсиной Орсини и два мальчика: младший сын Джулиано, которому исполнилось тринадцать лет, и четырнадцатилетний племянник Джулио. Узнав, что их другу плохо, Полициано и Пико делла Мирандола тотчас приехали из Венеции, где в мастерской Альда Мануция готовились к изданию их сочинения.
Лоренцо пришлось отказаться от всякого вида деятельности. Если прежде он, невзирая на приступы боли, пунктуально принимал иностранных послов, то теперь болезнь принудила его отложить прием посольства из Милана. Лоренцо хотел видеть вокруг себя лишь тех, кого он любил. Теперь двор на Виа Ларга состоял из немногих, самых близких ему людей, не хватало среднего сына — молодого кардинала Джованни. Лоренцо вызвал его из Пизы, где семнадцатилетний юноша тогда заканчивал курс канонического права.
Приезд Джованни во Флоренцию обставили как праздник в честь официального визита князя Церкви. В начале марта родной брат Пьеро в сопровождении патрициев выехал за пределы города встречать Джованни. В свите юного кардинала были епископы и прелаты, собранные со всей Тосканы. Несмотря на сильный дождь, множество флорентийцев выстроились вдоль дороги, чтобы приветствовать кортеж.
Кардинал сначала отправился в церковь Благовещения на благодарственную службу, потом во Дворец синьории, где его приняли гонфалоньер и приоры, а оттуда на Виа Ларга. Народ провожал его до ворот дворца и попрощался рукоплесканиями. Вечером на площадях зажгли иллюминацию. Звон колоколов, песни и музыка звучали во всех кварталах города. Народное ликование тешило отцовскую гордость прикованного к постели Лоренцо.
На другой день состоялась торжественная месса в соборе, потом городские старшины, послы, члены синьории и советов вместе с юным кардиналом верхами отправились с визитом к Лоренцо, который не мог выйти из комнаты. Во дворце Медичи все поднесли Джованни дары, но тот их принял только от родных и от синьории. На этом он распрощался с флорентийцами: ему теперь надлежало вернуться в Рим.
Лоренцо благословил сына и вверил его своему старому наставнику, епископу Аретинскому Джентиле Бекки. Двум патентованным дипломатам, Франческо Валори и Пьерфилиппо Пандольфини, он поручил консультировать юного кардинала в хитросплетениях политики. Лоренцо сказал им, что сам он уже не справится с этой задачей, потому что больше не увидит сына. Когда они попытались ему возразить, он ответил: «Дух с небес, всегда хранивший мое тело, ныне велит мне отложить всякое попечение и помышлять только о смерти».
Впрочем, отцовская любовь побудила Лоренцо написать Джованни письмо, в котором он дает ему наставления, советы и предостерегает от капканов, расставляемых завистниками: