Венецианское правительство согласилось предоставить своего кондотьера Роберто Сан-Северино в распоряжение Рима. Иннокентий VIII велел ему прибыть в Рим к 10 ноября, не дожидаясь подхода основных сил. Он свел кондотьера с главами феодальных фамилий Савелли и Колонна, уже мобилизовавшими собственные войска. 30 ноября Роберто был провозглашен гонфалоньером Церкви. Первый отряд папа отправил на помощь л'акуильским повстанцам. Но битве суждено было состояться при Виковаро в Римской Кампанье, где герцог Калабрийский соединился с союзниками, Орсини и флорентийцами. 24 декабря, когда войско Сан-Северино вступило в Рим, город был почти полностью окружен. Новые войска тотчас вступили в дело. Еще до Нового года они взяли приступом мост на Номентанской дороге, занятый герцогом Калабрийским. В январе I486 года у Орсини отбили город Ментана. Перепуганный кардинал Орсини открыл ворота Монте-Ротондо, и Альфонс Калабрийский, увидев, что остался в одиночестве, бежал. Его войска, к великому негодованию флорентийцев, поспешно отступили к Виковаро. Папская дипломатия набирала очки, обличая короля Фердинанда перед императором, перед испанскими монархами Фердинандом Католиком и Изабеллой Католичкой, перед большинством христианских государей. Посол Карла VIII в Риме кардинал Балю и кардинал делла Ровере убедили папу Иннокентия в необходимости призвать на помощь и Францию. 23 марта Джулиано делла Ровере сел на корабль в Остии и отправился в Геную. Там он начал активные переговоры с послом герцога Лотарингского и одновременно занялся вооружением флота для Святого престола. Но пока римляне накапливали мелкие преимущества, герцог Альфонс, вовсе не бежавший, как думали, а отступивший в стратегических целях, перешел в контрнаступление и разбил Роберто Сан-Северино у Монторио. В это же время флорентийские агенты спровоцировали мятежи против папских представителей в Перудже, Читта ди Кастелло, Витербо, Ассизи, Фолиньо, Монтефолько, Сполето, Тоди и Орвието. Во всем Папском государстве воцарилась анархия. Папа призвал на помощь Риму всех изгнанных и осужденных, пообещав взять их на службу. Большинство из них действительно получили высокие посты.
В апреле 1486 года главарь бандитов Бокколино Гоццони занял Озимо. Стало известно, что Матвей Корвин послал войска, чтобы занять Анкону. Вдоль побережья Адриатики крейсировали турецкие корабли. Папская казна, к которой слишком многие обращались для покрытия военных расходов, опустела. Вообще для папы наступили трудные времена.
Правда, 31 мая послы французского короля и герцога Лотарингского прибыли в Рим с предложением совместно действовать против Неаполя. Но представители короля Фердинанда Арагонского этому воспротивились. При поддержке кардиналов Борджа и Савелли они добивались примирения с королем Неаполя. В этих обстоятельствах Л'Акуила переметнулась на другую сторону и выступила против Святого престола. Альфонс Калабрийский подошел к стенам Рима.
11 августа 1486 года Иннокентий VIII был принужден подписать мир. Гарантами стали католические короли Испании, Милан и Флоренция. Папа платил контрибуцию в виде расчета по невыплаченным процентам по займам. Он даровал амнистию всем баронам, объявившим о покорности, и примирился с Орсини, которые попросили у него прощения. Л'Акуила могла свободно выбирать между Римом и Неаполем. Папа получил право по своему усмотрению раздавать диоцезы и бенефиции в Неаполитанском королевстве.
Сразу после подписания мира кондотьер Сан-Северино, преследуемый герцогом Калабрийским и флорентийцами, бежал и укрылся в Равенне. Святой престол полностью лишился вооруженной защиты. Фердинанд сразу понял, что к чему. В сентябре он разорвал только что заключенный мир, выгнал из Л'Акуилы папские войска, казнил губернатора и установил свою власть. В Неаполе же он жестоко отомстил своим баронам.
Через два дня после подписания мира Фердинанд пригласил Франческо Копполу, Антонелло Петруччи, графов Каринола, Поликастро и Борело с женами и детьми в Новый замок в Неаполе. Как только они туда прибыли, всех их арестовали. Пока они томились в казематах крепости, шел процесс по делу об измене. Король же, не дожидаясь его окончания, конфисковал и продал все их имущество, выручив за него 300 тысяч дукатов. Каринола и Поликастро были казнены в ноябре I486 года, Сарно и Петруччи в мае 1487-го. Других заговорщиков, которых не было в Неаполе, князей Альтамура и Бизаньо, герцога Мельфи, графов Лауриа и Мелито уничтожили с помощью наемных убийц или бросили в море. На деньги, полученные от конфискации их имущества, король смог нанять лучших кондотьеров того времени: Вирджинио Орсини, Просперо Колонна, Фабрицио Колонна и Джанфранческо Тривульцио.