Архиепископ Сальвиати и Якопо Браччолини во время совершения покушения в соборе должны были захватить синьорию, прогнать приоров и создать повстанческое правительство. Сначала все шло по плану. Старый дворец охранялся маленьким гарнизоном. Архиепископ оставил внизу Браччолини с частью спутников, собственными родственниками и примерно тремя десятками жителей Перуджи, изгнанных из города, которым Пацци пообещали возвращение на родину, а сам поднялся по лестнице в бельэтаж, сказав, что должен передать синьории послание от папы. Было еще очень рано. Приоры и гонфалоньер справедливости Чезаре Петруччи (тот самый, что восемь лет назад, занимая должность подесты в Прато, подавил заговор Нарди) завтракали. Архиепископа с группой спутников впустили в канцелярию. Там прелат оставил сопровождающих и прошел в комнату, где его должен был встретить гонфалоньер. Выходя из канцелярии, он неосторожно толкнул дверь, и та захлопнулась автоматически, так что свита оказалась запертой. Встретившись с Петруччи, архиепископ растерялся и лишь пробормотал что-то невнятное. Он все время поглядывал на дверь, из-за которой должны были появиться вооруженные люди. Гонфалоньер сразу понял, что дело нечисто. Выйдя в коридор, он крикнул коллегам и слугам, чтобы те не зевали. Тут он столкнулся с Якопо Браччолини, который забеспокоился, почему нет сигнала от архиепископа, и поднялся сам разведать обстановку. Его появление подтвердило подозрения гонфалоньера; он накинулся на злоумышленника, не дав тому вытащить из ножен шпагу, схватил его за волосы и закружил. Подбежали слуги и приоры, вооруженные тем, что нашлось на кухне: ножами и вертелами. Браччолини связали, а вместе с ним и прелата. Гонфалоньер велел забаррикадировать двери верхнего этажа. Перуджинцев, запертых в канцелярии, и горстку людей, пробивавшихся с первого этажа, тотчас зарезали и выбросили из окон, а архиепископа, его брата, кузена и Браччолини повесили на оконных рамах. Однако остальные заговорщики удерживали первый этаж. Тогда гонфалоньер и приоры позвали на помощь народ, ударив в набат на дозорной башне и подняв большое знамя Флоренции (Гонфалон справедливости). Слуги синьории тем временем кидали из окон верхнего этажа все, что попадалось под руку, отгоняя сторонников Пацци, решивших взять приступом старый дворец.
Франческо Пацци, находившийся во дворце дяди, узнав о непредвиденном развитии событий, не мог оставаться в бездействии. Как он ни был слаб, как ни истекал кровью, но велел посадить себя на коня, надеясь поднять бунт и в последний раз попытаться овладеть ситуацией. Но Франческо совсем не мог держаться на ногах, и его снова уложили в постель. Тогда он стал умолять дядю Якопо действовать вместо него. Старый банкир знал, что все уже напрасно. Но, желая показать, что не трус, он вскочил на коня и во главе сотни всадников поскакал к синьорин с традиционным кличем «Народ и свобода!». Однако горожане уже поняли, что мятеж провалился. Лоренцо живым и здоровым вышел из ризницы и вернулся к себе во дворец. Синьория была за Медичи. Раздались крики: «Palle, Palle!» — «Шары, Шары!» Со всех сторон люди сбегались под герб Медичи. Вскоре под всеобщий вопль «Смерть предателям!» началась кровавая расправа над заговорщиками. Двух священников, покушавшихся на убийство Лоренцо, толпа уже давно растерзала. Масса народа хлынула во дворец Пацци. Франческо вытащили с окровавленного ложа, голым приволокли к синьории и повесили на одном окне с архиепископом Сальвиати.
Всех, на кого указывали как на друзей Пацци, перебили без разбора. Их трупы волокли по улицам, головы насаживали на пики.
Это было лишь началом репрессий. Их не избежал ни один член семьи Пацци. Самый умеренный из всех, Ренато, не чувствуя себя в безопасности на вилле, бежал в деревню, переодевшись крестьянином. Встречные опознали его; Ренато схватили, отправили во Флоренцию и бросили в темницу. Там он встретился со стариком Якопо, с которым случилось то же самое: он бежал, но был узнан крестьянами в Апеннинах. Через четыре дня после заговора оба они были осуждены на смерть и немедленно повешены. Тело Якопо после смерти претерпело еще много надругательств. Его похоронили в семейном склепе, но месяц спустя извлекли оттуда и в знак презрения зарыли под городской стеной. На другой день дети выкопали его и оттуда; расчлененное тело проволокли на веревке, подвесили на заборе и, наконец, бросили в Арно. В нескольких милях от города другие ребятишки выловили останки, повесили на иве, поколотили палками и опять бросили в воду. Позднее фрагменты тела находили под мостами в Пизе.