В Академии наук царила настороженная тишина. Самое незначительное происшествие отзывалось громким эхом и еще более накаляло атмосферу. Нартов распорядился опечатать архив Конференции и проверять состояние печатей. Понятым при этом бывал и Ломоносов, принимавший участие в просмотре бумаг, когда их нужно было вынуть или вернуть в архив. Все это было не по нутру академикам, жаловавшимся в следственную комиссию, что адъюнкт Ломоносов, переводчик Горлицкий и другие «сообщники» Нартова «им во отправлении их дел мешали».
В результате столкновений Ломоносова с академиками в феврале 1743 года он был исключен из Конференции. Не помогло и вмешательство Нартова, которому открыто не подчинилась Конференция. Ко всему этому присоединилась и крайняя нужда. Почти целый год в Академии никому не платили жалованья. Еще в феврале 1743 года Ломоносов и Тредиаковский подали в канцелярию отчаянную просьбу: выдать им в счет годового жалованья — Тредиаковскому десять рублей, а Ломоносову «сколько заблагорассудится». Последовало определение: «первому выдать 10, а второму пять рублей из книжной лавки».
В Академии наук все напряженно ждали, чем разрешится следствие над Шумахером. Торжество сторонников Нартова оказалось преждевременным. В назначенную по делу Шумахера комиссию попали заведомо снисходительные люди: простоватый генерал-лейтенант С. Л. Игнатьев и князь Б. Г. Юсупов, отличавшийся рабской преданностью Бирону.
На допросе канцеляристы горячились и взывали к тени Петра Великого. Но какое дело было сановной комиссии до их негодования, что какие-то «русские переводчики, имеющие познания в науках, получают жалованья гораздо меньше, нежели многочисленные, часто вовсе ненужные немецкие писцы». Обвинители говорили, что Шумахер живет пышно, занял большой дом, употребляет без контроля казенные дрова и свечи, завел для своих надобностей шестивесельную шлюпку, которая с «мундиром» и жалованьем гребцам обходилась Академии двести рублей в год, что с 1727 по 1742 год он брал по четыреста рублей ежегодно на кунсткамеру, якобы для угощения знатных посетителей. Возмущенные канцеляристы рассказывали, что Шумахер по родству и свойству совал в Академию бесполезных людей, принял некоего егеря Фридриха «для стреляния птиц в кунсткамеру» с жалованьем в год по двести рублей — и с оного 1741 года «настреляно им шестьдесят птиц и принесено в кунсткамеру, которых птиц в Охотном ряду за малую цену купить можно». Шумахер, смелея день ото дня, с достоинством отвергал возводимые на него обвинения. Он даже ссылался на якобы данное Блюментросту словесное распоряжение Петра I расходовать деньги на трактирование знатных особ при посещении ими кунсткамеры. Такая ссылка на волю Петра была для комиссии вполне убедительной. Правда, обвинители, постепенно превращавшиеся в ответчиков, резонно говорили, что ныне «знатные» особы редко посещают кунсткамеру, да и трактир для них от него, Шумахера, бывает невеликий, и кроме кофе, водки и заедок не бывает, что на это в год изойдет не более десяти или пятнадцати рублей, и что для этого следовало иметь особую книгу, а у него (Шумахера) книги нет и в ревизион-коллегию о том знать не дает». Это был лепет цепляющихся за свою правду маленьких людей. Комиссии становилось все более ясно, что академическая «чернь» слишком разбушевалась и на величественном фасаде Академии наук появились нежелательные тени.
Наконец в следственную комиссию 6 мая 1743 года поступила грандиозная жалоба за подписью одиннадцати академиков и адъюнктов, грозивших коллективным уходом и запустением Академии. Академики просили «учинить надлежащую праведную сатисфакцию, без чего Академия более состоять не может, потому что ежели нам в таком поругании и бесчестии остаться, то никто из иностранных государств впредь на убылые места приехать не захочет, также и мы себя за недостойных признавать должны будем, без возвращения нашей чести, служить ее императорскому величеству при Академии».
Академические устои потрясал Ломоносов. Именно его поведение и возмутило академиков. Весь сыр-бор загорелся оттого, что 26 апреля 1743 года Ломоносов, явившись в конференц-зал, «имея шляпу на голове», проследовал в Географический департамент, причем по дороге «сделал рукою в архиве срамную фигуру», как выразился свидетель Иоганн Мессер, или «показал кукиш», как определил по своему разумению сторож конференц-зала Федот Ламбус. Профессор Винсгейм[35], поднявшись с места, стал выговаривать Ломоносову всю неслыханность его поступка. Ломоносов, уже добродушно смеясь, снял шляпу и стал унимать Винсгейма, упрашивая его сесть и не хорохориться. Но Винсгейм полез в амбицию. Тогда Ломоносов снова надел шляпу и стал отводить душу.
Вступившемуся адъюнкту Географического департамента Трускоту он сказал:
— А ты што за человек? Ты — адъюнкт? Кто тебя сделал? Шумахер? Говори со мной по-латыни!
Когда же Трускот пробормотал, что не умеет, Ломоносов вскипел:
— Ты дрянь! И никуда не годишься! И недостойно произведен.
Под конец он обозвал советника Шумахера вором и пригрозил Винсгейму «поправить зубы».