Среди естественнонаучного материала «Примечаний» заслуживает внимания статья «О костях, которые из земли выкопываются», занявшая четырнадцать номеров за 1730 год. В ней приводилось подробное известие о находках мамонтовых костей в Сибири, сообщались толки и рассказы местных жителей, что мамонты еще живут, но под землей, где роют ходы подобно кротам, отчего «великие ямы учинились», и т. д. В. Н. Татищев, собиравший сведения о мамонтах, подробно изучил эти ямы и нашел, что они размыты надземными и подземными водами. Установив, что рассказы «о таком подземном звере басня есть», статья переходит к «ученой» догадке живших в Сибири шведов, что мамонт — «зверь Бегемот», упоминаемый в библейской книге Иова. Обсуждает она и вопрос, «не родила ли натура оные в подобие подлинных слоновых костей».
Для опровержения мнения об «игре природы» призываются на помощь анатомия и химия. Признав, что мамонты — ископаемые слоны, статья ставит вопрос, как они «в Сибирию пришли», и отводится возможность появления этих костей в результате походов Александра Македонского или «всемирного потопа». Нельзя поверить, чтоб вода «не скорее бегу слонов разливалась». Потонувших слонов вода не могла занести в Сибирь, ибо «никакое тело на воде без парусов и весел скоро и в прямой линии идти не может».
Наконец отвергается мнение Татищева, полагавшего, что «равная теплота на всей земле была», так что слоны «везде на нашей земле жить могли». Но статья целиком разделяет мнение, что слоны были давними обитателями Сибири, причем нет нужды, «чтоб слонов обще, а особливо старых и северных за так нежных почитать, какие ныне Индианские или Цейлонские слоны суть». Автор пытается представить себе мамонтов в естественных условиях севера, к которым они должны были приспособляться, а также причины их вымирания и исчезновения: «те, что выше к Северной стране обретались, не так хорошую пищу имели» и меньше размножались, и со временем сами от большой части «к южной стране перешли». Статья дает образец научного подхода к изучению явлений и критического разбора существующих гипотез, последовательности и независимости суждений.
Знакомство Ломоносова с открытиями передового естествознания должно было подорвать у него всякое доверие к старой схоластической премудрости и привести к решительной ломке всего его мировоззрения.
Передовое научное и философское мировоззрение Ломоносова складывалось в России, зарождалось в русской демократической среде, из которой он вышел и в которую он попал с первых дней своего пребывания в Москве: пестрый мир торгующих крестьян, бывалых поморов, ремесленников, мещан, приказных, низшего духовенства. Тут были канцеляристы и стряпчие, лекари и подлекари, крепостные мастера и художники, получившие обрывки образования, русначетчики из простонародья.
Главными коноводами всей этой разношерстной братии были бурсаки. «Руководителями и передовиками этой интеллигенции, — писал известный историк русского быта И. Забелин, — были грамотные люди, больше всего из отставных и не окончивших науки школьников Славяно-греко-латинской академии, особенно в лице
В составленной в 1728 году синодом подробной ведомости указано, что за двадцать восемь лет — с 1701 по 1728 год — из учащихся Славяно-греко-латинской академии вышло в духовенство (в том числе и в монашествующее) всего 68 человек, в то время как на гражданское поприще ушло 168 человек, причем только в Московский госпиталь «для учения хирургической науки» было отпущено 63 человека.