Но уже в конце 1720-х годов начались трудные для академии времена. 6 мая 1727 года (в день прибытия в Петербург Эйлера) умерла Екатерина I. Вскоре опала постигла Меншикова, и, наконец, в 1728 году двор уехал в Москву. Вместе с ним отправился Блюментрост (несколько позже в опалу попал и он: между 1725 и 1733 годами умерло семь августейших особ, в том числе три государя; естественно, велик был соблазн обвинить в этом врача). Академия была покинута на попечение Шумахера, назначенного советником Академической канцелярии. Вслед за тем отпущенные средства стали поступать с перебоями, жалованье академикам задерживали на несколько месяцев. Профессора еле дожидались истечения пятилетнего контракта, чтобы покинуть Петербург. Шумахер, чтобы заполнить вакансии, в 1730 году добился производства в профессорское звание молодежи: Эйлера, Крафта, Гмелина, Миллера. Кандидатура последнего вызвала у профессоров сомнения (наукой как таковой он до того времени занимался мало, за исключением составления экстрактов из иностранных ученых работ), но Шумахер настоял на своем. Однако уже через год-другой он неожиданно начал травить и притеснять своего бывшего протеже.
Академии пришлось идти на самые фантастические предприятия, чтобы поддерживать свое существование: например, получать в Берг-коллегии железо, якобы для починки кровель, и сбывать его на сторону. Именно в это время Шумахер смог в полной мере проявить свои качества: и, безусловно, положительные (хозяйственную сметку, административный инстинкт), и не столь привлекательные. Именно он завел при академии отличную по тем временам типографию, переплетную, граверную и камнерезную мастерские. Некоторые гравюры, созданные в академических мастерских, прекрасно сохранились – например, знаменитые петербургские виды Михаила Махаева. Посторонние затраты, разумеется, вызывали недовольство ученых, с задержкой получавших жалованье, не имевших возможности приобретать необходимые инструменты и т. д. Однако мастерские не только способствовали развитию ремесел и искусств в России, но и дали академии возможность в трудные годы получать дополнительный доход от частных заказов, а после возвращения двора в Петербург вновь добиться полноценного государственного финансирования. Анне Иоанновне и Бирону, которого упросили принять на себя звание “протектора” академии, разумеется, интересна была, прежде всего, внешняя, показная сторона ее деятельности: анатомические, минералогические, этнографические собрания Кунсткамеры, книги с золочеными корешками в роскошных шкафах, картины и гравюры, и в особенности – фейерверки и придворные празднества. Здесь Шумахер знал толк. И вот результат: исправное поступление денег в рамках сметы, а сверх того – солидные (до 110 тысяч рублей) дополнительные денежные пожалования, монополия на издание переводных книг и торговлю книгами иностранными.
Самой академии толку от этого было, однако, меньше, чем можно было бы ожидать. Шумахер, еще недавно – скромный библиотекарь, почувствовал себя хозяином над именитыми профессорами и блестящими коллекциями академии. Он завел огромный штат канцеляристов, кунсткамерных, типографских и прочих служителей, огромный настолько, что денег на жалованье опять не хватало. “Академические служители такую претерпевали нужду, что принуждены были брать жалование книгами и продавать сами, получая вместо рубля по семидесяти копеек и меньше…” Это уже свидетельство самого Ломоносова. Но ни барон Герман Кейзерлинг, ставший президентом академии в 1733-м, ни его (с 1734) преемник, курляндский барон Иоганн Корф, называвший Шумахера “неученым сочленом и канцелярским деспотом”, обойтись без этого деспота не могли. Он держал в руках все нити управления академией. Кейзерлинг и Корф были образованными людьми, но не учеными и не администраторами, а придворными. Свое влияние они использовали для получения средств. Что происходило с этими средствами дальше, в деталях знал только господин советник Академической канцелярии.
Что же касается профессоров, то Шумахер управлял ими, искусно стравливая между собой “стариков” и молодежь. Уже в первые годы существования академии ее работа была омрачена затяжным конфликтом между Якобом Германом и Бильфингером – с одной стороны, и Даниилом Бернулли – с другой. Однако, покинув Петербург, ученые быстро помирились.
В 1734 году достроили Кунсткамеру. На первом этаже здания разместились минералогические и анатомические коллекции, второй и третий этаж заняли административные помещения и библиотека. В башне располагалась обсерватория. Научные “конференции” по-прежнему проходили во дворце Прасковьи Федоровны, там же оставались гимназия и Географический департамент. Залы Кунсткамеры были открыты для желающих, но часто и те, кого любопытство приводило в дом с башенкой, мало понимали суть деятельности академиков. Чужеземцы, занимающиеся звездочетством и хранящие в спирту зародыши нерожденных младенцев и двухголовых телят, были в глазах большинства петербуржцев просто заморскими колдунами.