В начале XVIII века Петр I обратил внимание на состояние Спасских школ и выделил средства на их возрождение. При Петре академия стала “кузницей кадров” не только для всех епархий России, но и для государственного чиновничества. Из 236 выпускников 1701–1728 годов лишь 68 пошли по духовной части, остальные определились на государственную службу. Для службы этой (в самых разных областях – от посольств до аптечного ведомства) нужны были люди, хорошо знающие латынь. Поэтому в это время в академии преобладал “латинский” уклон. Уже в 1700 году преподавание велось не по-гречески, а по-латыни, а в следующем году это было закреплено царским указом. В конце концов преподавание греческого было перенесено в особую школу при церковной типографии, которая лишь в 1738 году была воссоединена с академией. “Спасские школьники” могли посещать ее “своей охотой”.
Ректором в 1708 году стал архиепископ Феофилакт (Лопатинский), крупный церковный писатель и мыслитель, выходец с Украины, товарищ Феофана (Прокоповича) по Киево-Могилянской академии – и убежденный оппонент его в богословских и церковно-административных вопросах. Оба, Феофан и Феофилакт, были “западниками”, но если первый больше симпатизировал протестантизму, то второй – католицизму. Естественно, он со своей стороны способствовал “латинской” ориентации школы. В 1722-м Лопатинский оставил ректорский пост, но его традиции сохранялись.
По собственным свидетельствам Ломоносова, он подал заявление в академию и был туда зачислен не то 15 января, не то “в последних числах” января 1731 года. В “Академической биографии” это описывается так: “У караванного приказчика был знакомый монах в Заиконоспасском монастыре, который часто к нему хаживал. Через два дня после приезда его в Москву пришел с ним повидаться. Представя он ему молодого своего земляка, рассказал об его обстоятельствах, о чрезмерной охоте к учению и просил усиленно постараться, чтобы взяли его в Заиконоспасское училище. Монах взял то на себя и исполнил самым делом…” Таким образом, и здесь не обошлось без помощи земляков. В городе жили пять-шесть человек с Курострова (Тихон Шенин, братья Пятухины). Едва ли они искренне сочувствовали стремлению Михайлы к получению образования: оно должно было казаться им “чрезмерным”, если не попросту – нелепой придурью. Но, возможно, они считали, что, помогая юноше, оказывают услугу его отцу. Между тем бедный Василий Дорофеевич не имел о сыне никаких известий. “Дома… долго его искали, и не нашед нигде, почитали пропадшим, до возвращения обоза по последнему зимнему пути…” (“Академическая биография”) – то есть до апреля.
При поступлении в академию Ломоносову пришлось обойти по крайней мере одно препятствие. В примечании к “Академической биографии” сказано: “А как не принимают в сию семинарию положенных в подушный оклад, то назвался Ломоносов дворянином”. Это подтверждается и собственными показаниями Ломоносова, сделанными в 1734 году при “разоблачении”. Дело в том, что первоначальное правило, допускавшее в академию людей “всех званий”, было позднее изменено. В Указе от 7 июня 1728 года было сказано следующее: “Обретающихся в московской Славяно-Греко-Латинской Академии в школах солдатских детей обуча, отослать в полки в службу и впредь для обучения не принимать таковых, о которых тех полков, в которых отцы их служат, от командиров будет прислано письменное уведомление, что они ныне и впредь в полки не надобны; а помещиков детей и крестьянских людей, также непонятных и злонравных от помянутой школы отрешить и впредь таковых не принимать”.