У этого была особая причина. В 1724 году, после смерти Федоры, Василий Ломоносов женился в третий раз — на молодой вдове Ирине Семеновне, урожденной Корельской, дочери монастырского крестьянина из Матигорской волости. Как всякому ребенку, уже в сознательном возрасте потерявшему мать, Ломоносову были, вероятно, не слишком приятны второй и третий браки отца. Это позднее, ратуя ради «сохранения и размножения российского народа» за разрешение четвертого и пятого браков (православная церковь их запрещала), он приводил в пример своего отца, который в третий раз овдовел еще полным сил и мог бы жениться. Но и в эти годы у него не нашлось добрых слов для второй мачехи: «Я рос… имеючи отца хотя по натуре и доброго человека, однако в крайнем невежестве воспитанного, и злую и завистливую мачеху, которая всячески старалась произвести гнев в отце моем, представляя, что я сижу по-пустому за книгами. Для того многократно я принужден был читать и учиться, чему возможно было, в уединенных и пустых местах и терпеть стужу и голод…» (из письма Шувалову от 31 мая 1753 года).
Именно с этим разладом связан, вероятно, неожиданный поворот в судьбе юного Ломоносова — то, о чем сам он вспоминать не любил, но без чего рассказ о его юных годах будет неполным.
Уже первые биографы ученого лаконично отмечают, что на тринадцатом году он «уловлен был раскольниками, так называемого толка беспоповщины» и «держался оного два года, но скоро познал, что заблуждает». Но уже в начале XX века в точности этого свидетельства усомнились — в том, что касается возраста юного «раскольника». Двенадцати, тринадцати, четырнадцати лет Ломоносов каждое лето уходил в плавание с отцом, а зимой истово учился грамоте. Но как сказано в «Академической биографии», с отцом на «Чайке» мальчик плавал «до шестнадцати лет» — стало быть, лишь до 1727 года. А в духовной росписи Архангельской епархии за 1728 год указано, что в то время как Василий Дорофеев Ломоносов и его жена Ирина исповедовались и причащались, «сын их Михайло» ни разу не был у исповеди и причастия «по нерадению». Вероятно, именно в эти годы, между 1727-м и 1730-м, юный Ломоносов принадлежал к «расколу», то есть к старообрядцам-беспоповцам, чья главная колония, Выговская пустынь, находилась в четырехстах верстах от Холмогор — на реке Выг.
Тех, кто не согласился в 1651 году с реформами Никона, официальная церковь называла «раскольниками», сами они себя — «староверами» или «древлеправославной церковью». Термин «старообрядчество» — современный и отражающий нынешние представления. В самом деле, сегодняшнего человека не может не поражать контраст между незначительностью изменений, их чисто внешним, ритуальным характером (написание «Иисус» вместо «Исус», трехкратное, а не двукратное произнесение «аллилуйя» во время службы, крещение тремя, а не двумя перстами и т. д.) — и вызванным ими взрывом. Но не будем забывать о магической роли, которую играл для средневекового христианина обряд. Лишь он открывал дорогу к спасению; при несоблюдении ритуала или отсутствии у священника ритуальных полномочий никакая вера и никакие добрые дела сами по себе не помогали.