Новоприбывших учеников приняли со снисходительной важностью. 27 января 1736 года Корф распорядился выдать академическому эконому Матиасу Фельтену сто рублей «на покупку им постелей, столов и стульев и протчего, что потребно». Для них приобрели простые кровати по тринадцать копеек штука, выдали каждому по паре простых смазных сапог и паре башмаков, шерстяные и гарусные чулки, немного полотна на рубахи и постельное белье, редкий и частый гребень и кусок ваксы. Им отвели сперва покои при самой Академии, а потом наняли для них на Васильевском острове «новгородских семи монастырей дом», где было устроено общежитие. «Пропитанием» учеников ведал эконом Матиас Фельтен. Общее «смотрение» было поручено адъюнкту Адодурову.
3 февраля штатс-контора отпустила на их содержание 360 рублей «до будущего указу». Но деньги эти растаяли, как дым. Эконом Фельтен писал все новые счета на покрытие понесенных им издержек. Но студенты не видели, на что уходят деньги, бедствовали и, наконец, в октябре 1736 года отважились обратиться в сенат с просьбой определенную им от Академии наук сумму давать им на руки, а не эконому — «понеже и ныне от него… как в пище, так и содержанию нашему в принадлежащих вещах не малую претерпевали нужду». Особенно их возмущало, что за стол было поставлено по пяти рублей с каждого в месяц. А студенты жаловались, что они голодают и им так живется, что и «учиться не можно». 11 ноября 1736 года, когда Ломоносова уже не было в Петербурге, истопник Афанасий Петров донес Адодурову, что студенты «при столе, во время кушанья неучтиво поступают». Особенно возмущался Прокофий Шишкарев, объявивший во всеуслышание: «хотя де про немцев и говорят, будто они не воры, однако ж де и они воруют».
Шумахер, разгневанный этим «бунтом», учинил строжайшее следствие. 17 ноября главные зачинщики Шишкарев и Чадов были немилосердно «биты батожьем». А накануне, 16 ноября, академик Байер должен был всех провинившихся учеников «порознь свидетельствовать» в науках. Сухой и чопорный Байер, который почти не знал русского языка, проявил большую строгость к испытуемым. О семнадцатилетнем Алексее Барсове, ставшем потом корректором академической типографии, будущем астрономе Никите Попове и Михайле Гаврилове Байер написал, что от них «о дальнейшем успехе в науках никакой надежды иметь не можно», ибо они «в такие свои годы грамматического фундамента (в латинском языке) весьма немного получили». Но вот как раз о Прокофии Шишкареве Байер отозвался хорошо. По его словам, Шишкарев «всех прочих превзошел и изрядные стихи сочинил», а кроме того, «сам от себя и без всякого наставления две книги Виргилия, и одну книгу Овидиевых Метаморфозов, с тремя письмами сего же автора, и несколько Цицероновых писем читал, о которых добрую отповедь сказать может. Еще своею охотою по-гречески учился, и начал греческую книгу переводить… К тому же он человек житья такого, что всякой похвалы достоин».
Очевидно, Байер, раздраженный самоуправством Шумахера, решил выгородить главного виновника «бунта», поразившего его своими способностями и рвением к науке.
К тому времени Академия занимала два просторных и красивых дома на «стрелке» Васильевского острова. По преданию, когда на Васильевском острове, лет тридцать назад, прорубали первые просеки, то на самом берегу Невы натолкнулись на две сосны с причудливо сросшимися ветвями. Петр, не оставлявший без внимания ничего достопримечательного, распорядился построить на этом месте кунсткамеру, а «диковинный раритет» — обрубок сосны — поместить в этом первом русском музее.
На берегу Невы возникло стройное трехэтажное здание с угловатой, как бы выросшей из него самого, башней, увенчанной позолоченной «армилярной сферой» [26]. Каждый ярус башни обегал балкон с точеной деревянной балюстрадой. Ротонду башни занял анатомический театр. Два верхних этажа башни занимала обсерватория.
Башня разделяла здание на два флигеля. В одном помещалась библиотека, в другом — кунсткамера. Главную часть каждого флигеля составляли пышные анфилады в два света, с галереями на столбах. Вдоль стен тянулись желтые полированные шкафы с книгами и редкостями. У входа в кунсткамеру стояли чучела и скелеты. С потолка свисали высушенные рыбы и змеи. В шкафах, за мелким переплетом стеклянных дверок, на тонких, неравных по длине полках, в цилиндрических сосудах помещались различные препараты. Сосуды были расставлены по росту и то образовывали горку, то неглубокий выем, как трубы церковного органа. В сосудах покоились «неизреченные, чудественные, странные звери, в винном духе положенные», диковинные рыбы, жабы, ящерицы, змеи, но больше всего человеческие зародыши. Говяжьи пузыри, которыми завязывались склянки, были причудливо украшены разноцветным мохом, раковинами, высушенными растениями с посаженными на них редкими жуками и бабочками. Наряду с зоологическими коллекциями кунсткамера располагала хорошим гербарием, собранием минералов, а также большим числом восточных, китайских и сибирских редкостей.