Правильная исходная установка ломоносовских рассуждений основана на правильных наблюдениях явлений, противоречащих теории теплорода. «Тела, удельно более тяжелые, нагреваются сильнее, чем удельно более легкие», — записывает Ломоносов. Теория объясняет это тем, что «тела удельно более тяжелые принимают в себя больше теплотворной материн, чем удельно более легкие». Ломоносов вскрывает внутреннюю ошибочность теории, основываясь на ее внутренней логике, а не на деспотическом противопоставлении своего, правильного, взгляда: «Далее, тела удельно более легкие имеют более вместительные поры, следовательно, принимают в себя больше теплотворной материи, чем удельно более тяжелые, что нелепо». Ломоносов подбирает целый ряд примеров, «неудобных» для апологетов теплорода, готовясь к аргументированной и сокрушающей ошибочную теорию полемике, которую он поведет с ними в следующем десятилетии. Уже сейчас ему ясно, что посредством теплорода нельзя объяснить слишком многих очевидных вещей. Например: «Положим, что при самом сильном морозе, под арктическим кругом, ударяется сталь о кремень. Мигом выскочит искра, т. е. материя теплоты». Это ж сколько «разных причин» надо выдумать, чтобы объяснить наличие теплотворной материи «под арктическим кругом», которая то никак себя не обнаруживает, то вдруг «мигом выскочит»! В конце своих заметок Ломоносов еще раз обращается к этой пресловутой материи — на этот раз, чтобы прямо противопоставить ошибочной теории свое понимание теплоты: «Животное тело непрерывно испускает теплоту, но никогда не принимает ее в себя, следовательно, теплота не зависит от сосредоточения посторонней материи, а есть некоторое состояние тела».
Параллельно с конкретными научными проблемами Ломоносов в своих заметках вновь и вновь обращается к вопросам, связанным с методом. Он затрагивает их с разных точек зрения. В высшей степени важным для Ломоносова был здесь тот аспект этих вопросов, в котором наглядно проступала взаимозависимость метода и стиля исследования, изложения и поведения науки: «Что касается тех мистических писателей, которые уклоняются от сообщения своих знаний, то они с меньшим уроном для своего доброго имени и с меньшей тягостью для своих читателей могли бы скрыть это учение, если бы вовсе не писали книг, вместо того, чтобы писать плохие». Это ироническое развенчание «жреческого комплекса» иных ученых основано все-таки на завидном умении Ломоносова проникать во внутреннюю логику оппонентов. Лишь после такого вот развенчания лжи изнутри он дает ей внешнюю оценку: «Те, кто пишут темно, либо невольно выдают этим свое невежество, либо намеренно, но худо, скрывают его. Смутно пишут о том, что смутно себе представляют». Здесь Ломоносов из области физики и корпускулярной философии уже переходит в область языка, и приведенные только что слова напрямую соотносятся со слег дующим его высказыванием из «Российской грамматики» (1755): «Тончайшие философские воображения и рассуждения, многоразличные естественные свойства и перемены, бывающие в сем видимом строении мира и в человеческих обращениях, имеют у нас пристойные и вещь выражающие речи. И ежели чего точно изобразить не можем, не языку нашему, по недовольному своему в нем искусству приписывать долженствуем».
К заметкам по физике и корпускулярной философии Ломоносов приложил план научных работ, в которых намеревался развить замыслы и наблюдения, изложенные в заметках конспективно. Первыми и наиболее значительными из них для начального периода ломоносовского творчества стали «Опыт теории о нечувствительных физических частицах тел и вообще о причинах частных качеств», относящийся к концу 1744 года, «Размышление о причине теплоты и холода» (написано в 1744 году, опубликовано в 1747 году), «О действии химических растворителей вообще» (1743). В этих работах Ломоносов предпринимает успешную попытку привести в систему свое атомистическое мировоззрение, поставив перед собой в качестве главной задачи «сыскать причины видимых свойств, в телах на поверхности происходящих, от внутреннего их сложения».