В природе Ломоносов выделяет как основное ее качество «самоочевидную и легкую для восприятия простоту» (вспомним у Ньютона: «Природа проста и не роскошествует излишним количеством причин»). Эта, выражаясь современным языком, специфика предмета предполагает соответственный стиль исследования. По мысли Ломоносова, через «точность опытов, осмотрительность, истинность», а также через «тщательное сцепление доводов» исследователь необходимо приходит к «согласному значению доводов». При этом ему возбраняется чинить насилие над природой: правильный метод означает, что в равной мере «из согласного и несогласного извлекаются доводы». Нельзя упорствовать в своих заблуждениях. Девиз настоящего исследователя таков: «С величественностью природы нисколько не согласуются смутные грезы вымыслов». Касательно рабочей терминологии задуманного труда Ломоносов специально подчеркивает, что и она будет соответствовать предмету исследования, то есть будет простой и вполне традиционной: «Пользуюсь здесь многими словами как вполне известными, как-то: фигура, движение, покой, — не давая здесь определений их». Наконец, он указывает, что свою «систему всей физики» он строит в следующих трех измерениях: «Историческое познание, философское и математическое, каковы будут у меня».
Обозначив в общих чертах, как «поступать намерен» он, Ломоносов, переходит в своих заметках к тому, «как поступают иные». И вот тут выясняется, что за двадцать лет, истекших после работы над «Опытом теории о нечувствительных частицах», он из апологета механических понятий о мире во многом превратился в их оппонента. Он не хочет поступать, «как поступают иные», ибо «иные», как явствует из заметок, сплошь механицисты: «Физические писатели целиком находятся в области механики». Он не намерен погружаться в рутину чисто механических подробностей: «Махины, до практики надлежащие, выкину». Он поднялся на высоту, на которой потребны новые понятия, новые гарантии благонадежности теоретического взлета. Механические же понятия хороши в своей области.
Вот почему целый ряд дальнейших заметок идет у Ломоносова под рубрикой «Благонадежность». В сущности, здесь Ломоносов говорит о том, что является в его «Системе всей физики» критерием истины. Законосообразность природы предполагает, по мысли Ломоносова, такое ее постоянное проявление, которое удобнее и вернее всего было бы выразить даже не физическими, а этическими терминами: «Чудеса согласия, сила; согласный строй причин; единодушный легион доводов; сцепляющийся ряд». Этого мало: «Гармония и согласование природы». Но и этого мало: «По согласованию и созвучию природы». Но даже и этого мало: «Согласие всех причин есть самый постоянный закон природы». И уж совсем напоследок: «Все связано единою силою и согласованием природы». Критерий физической истины заключен в том, что Ломоносов называет «гармонией», «согласием», «согласованием», «созвучием», «единодушием» природы. Истину заключает в себе такое естественнонаучное мировоззрение, которое не искажает этот консенсус, присущий природе. Вот почему в Системе, по-настоящему благонадежной, «причины совмещаются и связываются».
Тем же словом «благонадежность» охватывает Ломоносов еще несколько заметок, касающихся того, что можно назвать «внешней структурой» его будущего труда. «С самого начала, — пишет он в одной из них, — надо остерегаться ошибок в самых основных положениях, иначе, блуждая по всему физическому учению, мы неизбежно уклонимся далеко в сторону» (как видим, Ломоносов вполне воспринял основной методологический завет Декарта точно определять понятия). Далее идет такая заметка: «Почему я захотел назвать это согласием причин». То есть он понимает, что необходимо обосновать столь необычную для физического труда терминологию. Вообще, в этой части заметки являются чем-то вроде памятки самому себе как автору. «Что на меня нападали» — скорее всего это значит: нападки не поколебали его убеждения в благонадежности теоретических оснований Системы. «Что я не торопился» — об этом достаточно было говорено в письмах к Эйлеру, но, очевидно, это надо было упомянуть и в книге. В развитие только что приведенных реплик Ломоносов замечает, что, пока он «не торопился», он, по существу, сам «нападал» на себя все это время: «Свыше 20 лет я искал на суше и на море веские возражения». И, наконец, последнее подтверждение благонадежности своей позиции: «Я не ищу покровительства какого-либо прославленного философа, как обыкновенно делает ученое юношество».