Что касается второго возражения противников, то оно звучит курьезно, если вспомнить упреки Модераха, который считал, что выпускников гимназии и университета девать будет некуда — так, мол, много их запланировал Ломоносов. Теперь же Ломоносову приходится возражать на прямо противоположные упреки: «Кроме того, противники твердят, что число студентов очень мало, а потому открытие Университета будет бесполезно. Но я им отвечаю: 1. виноват был тот, кто в течение стольких лет пренебрегал Гимназией, отдавая преимущество многочисленным незначительным делам, почему число студентов и сократилось до очень незначительного; 2. для нас нет позора в том, что Университет начинает свой курс с немногих студентов, и в том, чтобы серьезно подумать об их умножении... Ведь до этого учащиеся, рассеянные по обширнейшему городу, тратили большую часть времени на долгий путь или на служение своим родителям, совращались дурными примерами в порочную жизнь, мерзли, голодные, в рваной одежде и были чужды всякой любви к учению; а теперь соединенные в общежитии, прилично одетые, имея достаточное питание, они могут употреблять и употребляют все свое время на занятия».
В заключение Ломоносов обратился к академикам с воззванием: «Приняв все это во внимание, славнейшие мужи, вынесите постановление об этом полезном для отечества деле, о вашем собственном удобстве и о той славе и благодарности, которую вы получите от распространения наук в нашем государстве». Все «славнейшие мужи», за исключением Миллера, одобрили список университетских привилегий и проголосовали за необходимость устроить инавгурацию.
Ломоносов заблаговременно составил «Порядок инавгурации». Все должно было начаться с публичного экзамена гимназистов верхнего класса «к произведению в студенты». Затем следовали «экзамены в градусы» (для чего и был вызван из Голландии А. П. Протасов) и избрание проректора — то и другое сопровождалось диспутами или речами. Далее шла собственно торжественная часть: «1. Обедня с концертом и с проповедью. 2. Чтение привилегий. 3. Благодарственный молебен с пальбою и с музыкою. 4. Речь благодарственная е. и. величеству (над нею Ломоносов уже начал работу. —
Но и не добившись инавгурации, Ломоносов во многом поправляет университетские дела. В декабре 1762 года в университете было проэкзаменовано небывало большое (по сравнению с доломоносовским периодом) число студентов — семнадцать, и все получили хорошие отзывы профессоров. 5 февраля 1763 года в «Отчете о состоянии Университета и Гимназии» Ломоносов с гордостью заявил: «Через год из помянутых студентов человеков двух надеяться можно адъюнктов, ежели прежнее употребят прилежание, которые будут действительные академические питомцы, с самого начала из нижних классов по наукам произведенные, а не из других школ выпрошенные».