Прекрасно понимая, что эти его предложения натолкнутся на стену сословных предрассудков, Ломоносов пытается пробить в ней брешь таким вот здравомысленным и благородным увещеванием: «Против этого не должны быть предубеждены обучающиеся в Гимназии юные дворяне, ибо науки являются путем к дворянству, и все идущие по этому пути должны смотреть на себя как на вступающих в дворянство. А затем все принятые и не принадлежащие к дворянству должны в отношении обращения с ними, как и в смысле одежды, быть на том же положении, какое подобает принадлежащим к дворянству. На военной службе числятся и дворяне и недворяне, так нечего стыдиться этого и при обучении наукам». Замечательно это уподобление: здесь в подтексте мысль, что военная служба и служение науке равно полезны для отечества, благородны, доблестны и почетны.
Что касается собственно учебной программы гимназии, то необходимо иметь в виду, что с момента ее основания преподавание в ней велось «с немецкого». Ломоносов решительно порывает с этой порочной практикой. Он вводит в программу гимназического обучения курсы («классы», «школы») русского языка, русского красноречия и русской истории. Он требует преподавать арифметику, геометрию, географию на русском языке. Исключение делалось для «первых оснований философии», которые следовало преподавать на латинском языке. Вообще изучению языков (и прежде всего латинского) Ломоносов в своем проекте уделяет серьезное внимание. Кроме латыни, гимназисты должны были изучить начала греческого языка и сверх того, факультативно — немецкий и французский. Наряду с языками им предстояло усвоить «первые основания нужнейших наук», в число которых входили арифметика, геометрия, география, тригонометрия (эта дисциплина, как и русские «классы», впервые вводилась в программу Ломоносовым), а также философия, состоявшая из «логики, метафизики и практической философии» (скорее всего под «практической философией» надо понимать физику).
Все эти учебные циклы — русский, латинский и «первых оснований наук» — должны были, по мысли Ломоносова, чередоваться на каждом году обучения ежедневно: «В классах должен соблюдаться следующий порядок: утром с 7 до 9 часов должно вестись преподавание во всех латинских классах, с 9 до 11 — в русских, а с 2 до 4 пополудни — в классах первых оснований наук».
Предметом особой заботы Ломоносова было моральное воспитание гимназистов, чему посвящены седьмая и восьмая главы проекта — «Об узаконениях для гимназистов» и «Об обязанностях учителей». Наряду с выполнением религиозно-нравственных заветов, принятых в христианском государстве, Ломоносов требует от учеников прежде всего подчинить себя главной цели, ради которой они поступили в гимназию: «При наблюдении заповедей Божиих в Десятисловии и заповедей церковных, коими обеими любви к Богу и ближнему и началам премудрости страха Господня научаемся, следует первая гимназистов должность, чтобы к наукам простирать крайнее прилежание и никакой другой склонности не внимать и не дать в уме так усилиться, чтобы рачение к учению урон или малое ослабление потерпело».
В сущности, все «узаконения для гимназистов» подчинены этой главной цели: все, что помогает учению, — добродетельно, все, что мешает, — порочно. Ломоносов вменяет им в обязанность беспрекословное послушание учителям, требует «отбегать от ссор междоусобных, а особливо от бесчестных браней и от драк, не попрекать другого природными недостатками и не злобствовать», «не мешать другим в ученьи криком, играньем, стуком, шумом или каким другим образом, чем рассуждение и память в беспорядок приведены быть могут» и т. д. Чтобы ученики не выросли заносчивыми либо подобострастными, Ломоносов предъявляет и к преподавателям моральные требования, которые призваны обратить закон беспрекословного послушания им во благо для учеников: «Учители с учениками не должны поступать ни гордо, ни фамилиарно. Первое производит к ним ненависть, второе — презрение. Умеренность не даст места ни тому, ни другому, и словом, учитель должен не токмо словами учение, но и поступками добрый пример показывать учащимся». Предписанное учителям, добавляет Ломоносов, «надлежит наблюдать и самому ректору, поелику он есть учитель».