Миллер стал профессором (правда, не без вмешательства президента, по инициативе Шумахера), а уже через неделю после избрания он отправился в научную командировку за границу. Будучи в Англии, Миллер (молодой петербургский академик!) был избран членом Лондонского королевского общества. Вряд ли это произошло бы, если бы 27 июля 1730 года Шумахер не постоял за него как за своего человека. В дальнейшем Миллер, тяготясь благоволением Шумахера, неоднократно вступал с ним в открытые конфликты. «Великая распря» его с недавним патроном произошла сразу же по возвращении его из-за границы в августе 1731 года. Неприязнь обоих друг к другу была настолько сильной, что Миллер даже свой отъезд в сибирскую экспедицию (8 августа 1733 года), где им был собран материал для его капитального труда «История Сибири», связывал с невозможностью нормального контакта с Шумахером: «Для избежания его, Шумахера, преследований, — писал Миллер много лет спустя, — я вынужден был отправиться в путешествие». Так или иначе, став профессором, Миллер перестал оказывать «приватные прислуги» Шумахеру, сосредоточившись на «приватном изучении истории», Миллер, человек вспыльчивый и норовистый, очевидно, еще в бытность свою «мальчиком на побегушках» у Шумахера, копил на него свой гнев. Шумахер, со своей стороны, имел все основания быть в претензии на своего протеже. Высшая гуманная доблесть, на которую способен чиновник, — это не сотворить зла ближнему, когда он может его сотворить. В случае же с Миллером Шумахер позволил себе даже некоторое активное поползновение к тому, чтобы облагодетельствовать человека. Однако ж все обернулось черной неблагодарностью. Возможно, тут были и сетования на коварство ближних, и пессимистические размышления вроде: «Вот и помогай после этого людям!..»
Впрочем, Шумахер предпочитал выступать (и так часто выступал) не жертвой, а орудием, даже творцом злого рока. Сам не занимаясь наукой, он, однако, прекрасно знал психологию ученых и делал верную ставку на их непрактичность. Профессора почти полностью оказались в цепких руках его, ибо, по точной позднейшей характеристике Ломоносова, «приобыкли быть всегда при науках и, не навыкнув разносить по знатным домам поклонов, не могли сыскать себе защищения». Искушенные в латыни, но не искушенные в интригах, ученые мужи окрестили Шумахера flagellum professorum (бич профессоров) и дальше прошений об отставке либо случайных жалоб на него не шли.
Съехавшиеся в Петербург из разных стран Европы ученые представляли различные научные школы. Кроме того, в большинстве они были ярко индивидуальны в своем научном творчестве. Острая научная полемика, развернувшаяся в стенах Петербургской Академии уже с первых дней ее существования, была неизбежна. Шумахер эту борьбу идей умело превращал в борьбу самолюбий, которая уже сама собою зачастую оборачивалась личной враждой, а то и вульгарной склокой. Этот уровень полемики был близок Шумахеру. Здесь он чувствовал себя в своей стихии и был всемогущ. Понимая, что де-юре Академическая канцелярия — это всего лишь административно-хозяйственный орган, Шумахер максимально использовал любую, как мы теперь говорим, «конфликтную ситуацию» для того, чтобы утвердить свое тотальное влияние в Академии де-факто. При этом он, как точно указывал впоследствии Ломоносов, «в таковых распрях стоял за молодших, затем чтоб ими старших унизить, а молодших поднять». Он и его люди намеренно становились «таковых ссор причиною, чтобы ловить в мутной воде».
Глубокая аморальность «таковых распрей» и «таковых ссор» заключалась в том, что их участники видели в Шумахере (который чаще всего и провоцировал столкновения) третейского судью и обращались к нему за непредвзятым и строгим разбором. Он же придавал спорам (в основе которых изначально лежали научные разногласия) откровенно скандальное направление.