15 июня 1764 года в «Санкт-петербургских ведомостях» было помещено следующее сообщение: «...Сего июня 7 дня пополудни в четвертом часу благоизволила ея императорское величество с некоторыми двора своего особами удостоить своим высокомонаршеским посещением статского советника и профессора господина Ломоносова в его доме, где изволила смотреть производимые им работы мозаичного художества для монумента вечнославныя памяти государя императора Петра Великого, также и новоизобретенные им физические инструменты и некоторые физические и химические опыты, чем подать благоволила новое высочайшее уверение о истинном люблении и попечении своем о науках и художествах в отечестве. При окончании шестого часа, оказав всемилостивейшее свое удовольствие, изволила во дворец возвратиться». Поводом к визиту Екатерины послужило избрание Ломоносова в марте 1764 года членом Болонской Академии наук за его работы в области цветных стекол и мозаики. Однако отношения Ломоносова с Екатериной к этому времени уже имели свою историю (вспомним его поездку в Ораниенбаум 15 мая 1761 года) и были — сложными...
Когда в 1762 году Екатерина пришла к власти, притихшие было Тауберт и другие противники Ломоносова (Шумахер умер в 1761 году) опять подняли голову и повели на него новую атаку, по-своему логично рассчитав, что его положение как «человека Елизаветы», «человека Шуваловых» должно теперь пошатнуться. Поначалу так оно и было. После июньского переворота на противников Ломоносова в Академии пролились немалые щедроты. Злейший враг Ломоносова, его коллега по Академической канцелярии, Тауберт, который был на шесть лет моложе его и на три года позднее его получил чин коллежского советника, сделался статским советником. Это делало его в Академической канцелярии старшим по отношению к Ломоносову. К тому же именно в это время Ломоносов только что перенес тяжелый и затяжной приступ болезни ног.
24 июля 1762 года, измученный духовно и физически, Ломоносов подал на имя Екатерины прошение об отставке. В тот же день он направил письмо графу М. И. Воронцову, где раскрыл причины, побудившие его к этому: «...ныне всего несноснее я обижен, что г. Тауберт в одной со мною команде, моложее меня, коллежским советником восемь лет, пожалован статским советником без всякой передо мною большей заслуги, да лучше сказать, за прослуги и за то, что он беспрестанно российских ученых гонит и учащихся утесняет и мне во всех к пользе наук российских учиненных предприятиях всевозможные ставил препятствия. Итак, все мои будущие и бывшие рачения тщетны. Бороться больше не могу; будет с меня и одного неприятеля, то есть недужливой старости. Больше ничего не желаю, ни власти, ни правления, но вовсе отставлен быть от службы, для чего сегодня об отставке подал я челобитную...»
Ждать ответа на свое прошение об отставке Ломоносову пришлось около 10 месяцев. Между тем 28 января 1763 года ему стало известно, что президент Академии граф К. Г. Разумовский, по наущению Тауберта и Теплова, распорядился, чтобы он передал руководство Географическим департаментом Миллеру. Наступление «недоброхотов», участившиеся боли, в ногах, требования Мануфактур-коллегии возвратить ссуду в 4000 рублей, взятую ранее на строительство стекольной фабрики (и просьбы об отсрочке платежа), ежедневные научные и литературные труды, работа над мозаичной картиной «Полтавская баталия»... Никогда еще Ломоносов не чувствовал себя так тяжело.
2 мая 1763 года императрица подписала указ о присвоении ему чина статского советника и о «вечной от службы отставке с половинным по смерть жалованием». Но уже 13 мая от нее приходит в Сенат записка: «Есть ли указ о Ломоносова отставке еще не послан... то сейчас его ко мне обратно прислать». Ломоносов вернулся в Академию. Возможно, здесь сыграло свою роль заступничество Григория Орлова, который еще в июле 1762 года обещал Ломоносову помощь.
Так или иначе, Екатерина II какое-то время колеблется в своем отношении к Ломоносову. Присматривается к нему. На одном из приемов Ломоносов вручил ей свой план мероприятий, необходимых для составления «Российского атласа». Наконец 15 декабря 1763 года императрица подписывает указ о «пожаловании» Ломоносова статским советником с окладом 1875 рублей в год.
В известном смысле это можно считать началом «потепления». Уже через десять дней, 25 декабря, просмотрев написанное Ломоносовым «Известие о сочиняемой Российской Минералогии», где излагалась широкая программа изучения и освоения природных богатств страны, Екатерина написала прямо на экземпляре своему статс-секретарю Олсуфьеву: «Адам Васильевич! Прикажите дать Ломоносову все известия, которые у нас, и с рудами. А которых нет, прислать с заводов и сказать Шлаттеру (президенту Берг-коллегии. —