Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Наряду с вышеупомянутой приблизительно квадратичной зависимостью от размера генома сравнительный геномный анализ выявил огромную вариацию в сложности систем передачи сигналов среди бактерий и архей. Эта изменчивость, по-видимому, отражает разнообразие стилей жизни среди соответствующих организмов. Вариации в доле генов, ответственных за передачу сигналов, были количественно отражены в «бактериальном IQ», показателе, который пропорционален квадратному корню от числа белков передачи сигналов (учитывая квадратичное масштабирование) и обратно пропорционален общему количеству генов (Galperin, 2005). IQ отражает способность бактерий и архей отвечать на различные стимулы, приходящие из внешней среды. Соответственно, внутриклеточные симбионты (паразиты) имеют наименьшие значения IQ. Он лишь ненамного выше у организмов с компактными геномами, живущих в стабильной внешней середе, таких как морские цианобактерии, и существенно больше у организмов, живущих в сложной и переменчивой среде, даже у тех, которые обладают сравнительно небольшими геномами.

Горизонтальный перенос генов – определяющий процесс в эволюции прокариот

Повсеместное распространение ГПГ в мире прокариот

Вездесущесть и огромную важность горизонтального переноса генов (ГПГ) в эволюции архей и бактерий можно рассматривать как самую большую новость, выявленную с помощью сравнительного геномного анализа прокариот. Никакое другое открытие не было причиной такого большого количества споров и (порою желчных) дебатов, в которых сталкивались прямо противоположные точки зрения на ГПГ, от утверждений о его повсеместном распространении и всеобъемлющей роли в эволюции бактерий и архей до отрицания любого значимого вклада ГПГ в эволюцию (Gogarten and Townsend, 2005; Kurland et al., 2003; O’Malley and Boucher, 2005). Существование ГПГ, переноса генов между неродственными организмами иным путем, нежели посредством вертикальной передачи реплицированной хромосомы в процессе деления клетки, было осознано задолго до того, как был секвенирован первый геном (Syvanen, 1994). Более того, стало понятно, что ГПГ может происходить исключительно быстро и эффективно – во всяком случае, под давлением отбора, как в случае распространения устойчивости к антибиотикам в популяции патогенных бактерий. Однако, до того как появилась возможность сравнения множества полных геномных последовательностей, ГПГ по молчаливому соглашению рассматривался как маргинальный феномен, возможно важный для таких специфических областей, как эволюция сопротивляемости инфекциям, но по большей части не принимавшийся во внимание при изучении эволюции организмов. Как читатель, вероятно, помнит, сама важность вопроса о роли ГПГ в эволюции была осознана в связи с другим революционным открытием: демонстрацией Вёзе и соавторами того, что филогенетический анализ рРНК прокариот реально возможен и может быть потенциально использован для описания эволюции бактерий и недавно открытых архей. Для большинства биологов трехдоменное эволюционное дерево рРНК, полученное Вёзе, стало синонимом гипотетического древа жизни (ДЖ), исходно постулированного Дарвином, a теперь реально полученного и готового для использования в качестве основы для картирования эволюционных событий всевозможного рода (Pace, 2006). Такова была парадигма, когда сравнительная геномика вызвала революцию, связанную с осознанием роли ГПГ.