Читаем Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции полностью

Ключевое открытие сравнительной геномики состоит в том, что большинство генов в каждом геноме могут считаться высококонсервативными – они имеют легко обнаруживаемые гомологи в организмах, разделяемых сотнями миллионов лет эволюции (например, в случае генов человека, на уровне общего предка позвоночных; см. рис. 3–3; Wolf et al., 2009). Это открытие демонстрирует поразительную устойчивость последовательностей РНК и белков в процессе эволюции: типичное время исчезновения сходства последовательностей у гомологичных генов сравнимо со временем существования жизни на Земле. Помимо основополагающего значения, данный факт имеет огромные практические последствия: благодаря ему, прежде всего, сравнительная геномика становится крайне информативной и действенной.

Рис. 3–3. Распределение генов по эволюционному возрасту. «Эволюционный возраст» соответствует самому старому таксономическому узлу, в котором могут быть определены гомологи для белка, производимого данным геном. В частности, для человека древние всеобщие означает «гомологи, обнаруживаемые у прокариот», древние эукариотические означает «гомологи, обнаруживаемые у прокариот вне супергруппы униконтов» (см. гл. 7), царство и тип означает «гомологи, обнаруживаемые у животных вне класса млекопитающих», а класс и моложе означает «вне класса млекопитающих гомологи не обнаружены» (данные по Wolf et al., 2009)

Структуру эволюционного процесса определяют не только консервативные последовательности. На протяжении чрезвычайно длительных эволюционных периодов не просто сохраняется сходство последовательностей РНК и белков, но и гены имеют свойство сохранять свою уникальность. Иными словами, большинство генов развиваются как ортологичные линии, с редкими случаями дупликации (Koonin, 2005). Устойчивость ортологии генов становится очевидной благодаря простой процедуре, широко применяемой в сравнительной геномике и позволяющей эффективно выявлять ортологичные наборы генов. При этом ортологи обнаруживаются как «наилучшие совпадения при двунаправленном сравнении» (bidirectional best hits): все закодированные в геноме белковые последовательности сравниваются со всеми белками, закодированными в другом геноме, a затем процедура повторяется в обратном направлении (Tatusov et al., 1997). Пары генов, дающие наилучшие совпадения (те, которые демонстрируют наибольшее сходство последовательностей) при обоих направлениях сравнения, считаются возможными ортологами; нетрудно применить эту процедуру к нескольким видам путем совмещения треугольников двунаправленных совпадений, имеющих общую сторону (см. табл. 3–1). Примечательно, что такой прямолинейный подход в большинстве случаев хорошо срабатывает: к примеру, порядка 70 процентов генов организмов, разделенных приблизительно 100 миллионами лет эволюции, таких как люди и мыши, легко идентифицируются как ортологи при помощи описанной процедуры (Wolf et al., 2009). Если применить простую модификацию этого алгоритма и включить дупликации генов, характерных для одной линии наследования (дупликации, образовавшиеся после расхождения сравниваемых видов), такой подход позволяет идентифицировать наборы ортологов (известных как кластеры ортологичных генов, КОГ) во многих геномах, в том числе столь удаленных друг от друга, как археи и бактерии – представители двух доменов прокариот (см. гл. 5). Более точные и мощные способы обнаружения ортологов требуют подробного анализа филогенетических деревьев (см. табл. 3–1); впрочем, результаты такого анализа обычно близки к тем, что дают более простые методы, основанные только на сравнении последовательностей. Разумеется, для части генов история дупликаций и потерь настолько сложна, что обнаружить КОГ трудно, поэтому они становятся нечеткими кластерами с неопределенной внутренней структурой. По счастью, этих «трудных» генов в каждом геноме относительно немного.

Таблица 3–1. Классификация гомологичных связей генов: ортологи, паралоги и методы их определения.

Перейти на страницу:

Похожие книги

Инсектопедия
Инсектопедия

Книга «Инсектопедия» американского антрополога Хью Раффлза (род. 1958) – потрясающее исследование отношений, связывающих человека с прекрасными древними и непостижимо разными окружающими его насекомыми.Период существования человека соотносим с пребыванием насекомых рядом с ним. Крошечные создания окружают нас в повседневной жизни: едят нашу еду, живут в наших домах и спят с нами в постели. И как много мы о них знаем? Практически ничего.Книга о насекомых, составленная из расположенных в алфавитном порядке статей-эссе по типу энциклопедии (отсюда название «Инсектопедия»), предлагает читателю завораживающее исследование истории, науки, антропологии, экономики, философии и популярной культуры. «Инсектопедия» – это книга, показывающая нам, как насекомые инициируют наши желания, возбуждают страсти и обманывают наше воображение, исследование о границах человеческого мира и о взаимодействии культуры и природы.

Хью Раффлз

Зоология / Биология / Образование и наука
Эволюция Вселенной и происхождение жизни
Эволюция Вселенной и происхождение жизни

Сэр Исаак Ньютон сказал по поводу открытий знаменитую фразу: «Если я видел дальше других, то потому, что стоял на плечах гигантов».«Эволюция Вселенной и происхождение жизни — описывает восхождение на эти метафорические плечи, проделанное величайшими учеными, а также увлекательные детали биографии этих мыслителей. Впервые с помощью одной книги читатель может совершить путешествие по истории Вселенной, какой она представлялась на всем пути познания ее природы человеком. Эта книга охватывает всю науку о нашем происхождении — от субатомных частиц к белковым цепочкам, формирующим жизнь, и далее, расширяя масштаб до Вселенной в целом.«Эволюция Вселенной и происхождение жизни» включает в себя широкий диапазон знаний — от астрономии и физики до химии и биологии. Богатый иллюстративный материал облегчает понимание как фундаментальных, так и современных научных концепций. Текст не перегружен терминами и формулами и прекрасно подходит для всех интересующихся наукой и се историей.

Пекка Теерикор , Пекка Теерикорпи

Научная литература / Физика / Биология / Прочая научная литература / Образование и наука
Эволюция: Триумф идеи
Эволюция: Триумф идеи

РћРґРёРЅ РёР· лучших научных журналистов нашего времени СЃРѕ свойственными ему основательностью, доходчивостью Рё неизменным СЋРјРѕСЂРѕРј дает полный РѕР±Р·РѕСЂ теории эволюции Чарльза Дарвина РІ свете сегодняшних представлений. Что стояло Р·Р° идеями великого человека, мучительно прокладывавшего путь новых знаний РІ консервативном обществе? Почему РїРѕ сей день РЅРµ прекращаются СЃРїРѕСЂС‹ Рѕ происхождении жизни Рё человека РЅР° Земле? Как биологи-эволюционисты выдвигают Рё проверяют СЃРІРѕРё гипотезы Рё почему категорически РЅРµ РјРѕРіСѓС' согласиться СЃ доводами креационистов? Р' поисках ответа РЅР° эти РІРѕРїСЂРѕСЃС‹ читатель делает множество поразительных открытий Рѕ жизни животных, птиц Рё насекомых, заставляющих задуматься Рѕ людских нравах Рё Р­РўР

Карл Циммер

Научная литература / Биология / Образование и наука