Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

В табл. 12-1 перечислены некоторые из наиболее биологически значимых реакций, катализируемых рибозимами. Примечательно, что все три элементарные реакции, необходимые для трансляции, – (1) активация аминокислот через образование аминоацил-АМФ, (2) аминоацилирование (т)РНК и (3) транспептидация (реакция пептидилтрансферазы) – успешно моделируются с помощью рибозимов. Реакция авто-аминоацилирования, принципиально важная для возникновения первичных РНК-адаптеров (аналог АРСазы в мире РНК), была отобрана in vitro с относительной легкостью. Поразительно, что лучшие из полученных рибозимов катализируют эту реакцию с большей скоростью и специфичностью, чем соответствующие АРСазы, и что были отобраны очень короткие олигонуклеотиды, обладающие этой активностью (Turk et al., 2010).

Таблица 12-1. Некоторые из функций рибозимов, потенциально важные для биологической эволюции.

По понятным причинам, основные усилия сосредоточились на подтверждении полимеризации нуклеотидов и, в конечном счете, репликации РНК, катализируемой рибозимами, то есть ключевых процессов в гипотетическом первичном мире РНК. Результаты экспериментов, нацеленных на создание рибозимов-репликаз, до сих пор неоднозначны (Cheng and Unrau, 2010). Получены рибозимы, способные достраивать праймер после его гибридизации с матрицей (Johnston et al., 2001); на начальном этапе такие рибозимы могли действовать только путем спаривания части молекулы рибозима с матрицей, но затем были получены, путем дополнительного отбора, и общие рибозимы-полимеразы данного класса (Lincoln and Joyce, 2009). Результаты последнего прорыва в области рибозимов-полимераз были опубликованы в то время, когда окончательно редактировалась настоящая глава: рибозим-эндонуклеаза получена с использованием рибозима-полимеразы, в свою очередь построенной рекомбинацией двух уже существующих рибозимов, что в принципе представляет собой правдоподобный путь добиологической эволюции (Wochner et al., 2011). Невзирая на серьезные успехи, полученные до сих пор рибозимы-полимеразы все еще весьма далеки от достаточно точных (в смысле порога Эйгена) процессивных репликаз, способных катализировать репликацию экзогенных матриц и самих себя. Ферменты с такими свойствами, по всей видимости, являются conditio sine qua non для развития гипотетического мира РНК. Кроме того, даже имеющиеся рибозимы с ограниченными способностями РНК-полимераз довольно сложны: их молекулы состоят из приблизительно 200 нуклеотидов, и эволюция таких молекул в добиологических условиях была бы нетривиальной.

Концепция мира РНК опирается не только на каталитические способности рибозимов. Процессы мира РНК и по сей день просматриваются в живых формах, пусть и многократно затмеваемые разнообразием белков с их каталитическими и структурными функциями (Doudna and Cech, 2002). Реакции, катализируемые рибозимами, пусть малочисленные и гораздо менее разнообразные, чем катализируемые белковыми ферментами, имеют важнейшее значение в современных клетках. Первейшим примером естественных рибозимов является сама рибосома, где ключевая пептидилтрансферазная реакция катализируется рРНК большой субъединицы без непосредственного участия белков (Beringer and Rodnina, 2007)[128]. В вездесущем ферменте процессинга тРНК, РНКазе Р, собственно катализатором служит молекула РНК, в то время как белковые субъединицы играют роль кофакторов, стабилизирующих каталитическую РНК и способствующих реакции (McClain et al., 2010). Далее, самосплайсирующиеся интроны групп I и II, широко распространенные у бактерий и в органеллах растений, грибов и простейших, являются рибозимами, катализирующими свое собственное вырезание из РНК-транскриптов, часто при помощи особых белков, именуемых матуразами (см. также гл. 7). Практически не подлежит сомнению, что бесчисленное множество эукариотических сплайсосомных интронов, а также малые ядерные (мя)РНК, составляющие активные элементы эукариотических сплайсосом, произошли от интронов группы II (см. гл. 7). Таким образом, сплайсинг, вездесущий процесс в эукариотических клетках, основан на рибозимной каталитической реакции.