Через несколько месяцев, в самый разгар войны, Надежда Сергеевна родит девочку, которую назовут Варей. Пока ее нет, Вари. Но именно она станет спутницей жизни Лобачевского, Варя Моисеева. А восторженный юнец Ваня Великопольский сделается известным поэтом и драматургом, близким другом Пушкина, Гоголя, Белинского, Баратынского, Аксакова. Великопольскому суждено сыграть весьма некрасивую роль в житейской драме Лобачевского. Но все это в будущем.
Война с Наполеоном началась в ночь на 12 июня 1812 года. Через несколько дней умер попечитель Казанского учебного округа Степан Яковлевич Румовский. Салтыков немедленно выехал в Петербург. Вскоре в университете узнали: новым попечителем назначен Салтыков Михаил Александрович!
Первое же распоряжение нового попечителя касалось профессоров, адъюнктов, магистров — им категорически запрещалось отпрашиваться в действующую армию. Распоряжение распространялось в какой-то мере и на казеннокоштных студентов. Несмотря на войну, Салтыков хотел сохранить университет. Своекоштные уходили каждый день.
Николаю Лобачевскому, которого совсем недавно старались сдать в солдаты, нечего было и думать о ратных подвигах: он по-прежнему занимался с чиновинками; на лекциях со студентами подменял Бартельса. По-прежнему он оставался воспитателем детей Салтыкова, и новый попечитель, полюбивший Николая, как родного сына, бдительно следил за каждым его шагом и вовсе не намерен был отпускать на войну. Своекоштные, подавшие рапорты об увольнении их из университета, перестали ходить на лекции Николая. Возбужденные, говорливые, они бесцельно шатались по коридорам университета, гадали, в какую часть их направят. Аксаков писал о тех днях: «Старшие казенные студенты, все через год назначаемые в учителя, рвались стать в ряды, наших войск, и поприще ученой деятельности, на которое они охотно себя обрекали, вдруг им опротивело; обязанность прослужить шесть лет по ученой части вдруг показалась им несносным бременем. Сверх всякого ожидания в непродолжительном времени исполнилось их горячее желание: казенным студентам позволено было вступать в военную службу. Это произошло уже после моего выхода из университета. Многих замечательных людей лишилась наука, и только некоторые остались верны своему призванию. Не один [такой, как] Перевощиков, Симонов и Лобачевский попали в артиллерийские офицеры и почти все погибли рановременною смертью».
Лобачевский не был верен «своему призванию»: он остро завидовал товарищам, уезжающим в армию. Простился он и с Мусиным-Пушкиным, который считал, что его место в битвах. Война обернулась к Лобачевскому неожиданной стороной: исчез его младший брат Алексей. Исчез внезапно, словно в воду канул.
После потери Александра это было вторым страшным ударом. Во все города России перепуганный Яковкин разослал извещения: «Пропал магистр Алексей Лобачевский. Признаки: росту высокого, волосом черен, открытые глаза и на правой щеке черная небольшая бородавка с волосами».
Алексея, как беспаспортного, задержали в Нижнем Новгороде, куда он тайно уехал проститься с матерью, прежде чем отправиться в действующую армию. Алексея отдали под расписку профессору Арнгольдту, который и привез его в Казань.
— Если бы я открылся тебе, — сказал Алексей брату, — ты, пожалуй, воспротивился бы и написал своему другу попечителю…
Нервное потрясение было так велико, что Николай снова заболел. Лобачевский вообще никогда не отличался крепким здоровьем. Всякий пустяк выводил его из душевного равновесия, отражался на психике. Так, 22 апреля 1810 года ему рекомендовано «пользоваться свежим воздухом по причине продолжающейся в нем слабости здоровья». Позже он просит отпуск в город Макарьев «для поправки здоровья». Сохранилось свидетельство доктора профессора Эрдмана: «Господин адъюнкт Николай Лобачевский в течение многих месяцев страдал ипохондрией, болезнью груди и расстройством пищеварения в такой степени, что до сих пор осталась у него большая физическая слабость». А вот письма самого Лобачевского разным лицам: «В этом письме я ничего не могу сообщить вам о моих занятиях по должности. Болезнь их остановила, медленное выздоровление, вероятно, уменьшит успех», «Я также был болен зимой около двух месяцев и походил на мертвеца».
С таким скверным здоровьем нечего было и думать о «ратных подвигах». Война гремела где-то в стороне. Университет опустел. Лобачевский лежал в больнице под присмотром врачей. Ипохондрия, то есть угнетенное состояние, не покидала его.
Много лет спустя великую битву народов 1812 года опишет в своем романе «Война и мир» Лев Толстой, бывший студент Казанского университета Но в то время, когда Лобачевский лежал в больнице Толстой еще не родился, и до встречи этих двух великанов мысли было еще далеко. Они встретятся потом. Лобачевский устремит мудрый, проницательный взгляд на худощавого юношу со скуластым лицом и напишет на его прошении: «Льва Толстого допустить к испытанию во 2-м Комитете, объявя просителю, чтобы доставил свидетельство о здоровье. 29 мая 1844 г. Ректор