После первой волны успеха и популярности работа над 386/BSD по различным причинам замедлилась. Вскоре появились две альтернативные группы разработчиков, которые создавали собственные выпуски на основе 386/BSD. Это были NetBSD, где основной упор был сделан на возможность портирования на широкий круг аппаратных платформ, и FreeBSD, созданный с прицелом на высокую производительность и получивший наиболее широкое распространение из всех современных версий BSD. Первый выпуск NetBSD под номером 0.8 состоялся в апреле 1993 года. Первый компакт-диск с FreeBSD (версии 1.0) появился в декабре 1993 года. Еще одна версия BSD под названием OpenBSD была выпущена в 1996 году (исходная версия вышла под номером 2.0) после ответвления от проекта NetBSD. В OpenBSD основное внимание уделялось безопасности. В середине 2003 года, после отделения от FreeBSD 4.x, появилась новая версия BSD — DragonFly BSD. Подход к ее разработке отличался от применявшегося при создании FreeBSD 5.x. Теперь особое внимание было уделено проектированию под архитектуры симметричной многопроцессорности (SMP).
Наверное, рассказ об истории BSD в начале 1990-х годов будет неполным без упоминания о судебных процессах между UNIX System Laboratories (USL, дочерней компании, принадлежащей AT&T и занимавшейся разработкой и рыночным продвижением UNIX) и командой из Беркли. В начале 1992 года компания Berkeley Software Design, Incorporated (BSDi, в настоящее время входит в состав Wind River) приступила к распространению сопровождаемых на коммерческой основе версий BSD UNIX под названием BSD/OS (на базе выпуска Net/2) и добавлений, разработанных Джолицами под названием 386/BSD. Компания BSDi распространяла двоичный и исходный код по цене $995 и советовала потенциальным клиентам пользоваться телефонным номером 1-800-ITS-UNIX.
В апреле 1992 года компания USL предъявила иск компании BSDi, пытаясь воспрепятствовать продаже этих проектов. Как заявлялось в USL, они по-прежнему представляли собой исходный код, который был защищен патентом, полученным USL, и составлял коммерческую тайну. Компания USL также потребовала, чтобы BSDi прекратила использовать вводящий в заблуждение телефонный номер. Со временем иск был выдвинут еще и Калифорнийскому университету. Суд в конечном итоге отклонил все, кроме двух претензий USL, а также встречный иск Калифорнийского университета к USL, в котором утверждалось, что USL не упомянула о том, что в System V содержится код BSD.
В ходе рассмотрения иска в суде USL была куплена компанией Novell, чей руководитель, ныне покойный Рэй Нурда (Ray Noorda), публично заявил, что он предпочел бы конкурировать на рынке, а не в суде. Спор окончательно был урегулирован в январе 1994 года. В итоге от Калифорнийского университета потребовали удалить из выпуска Net/2 три из 18 000 файлов, внести незначительные изменения в несколько файлов и добавить упоминание об авторских правах USL в отношении примерно 70 других файлов, которые университет тем не менее мог продолжать распространять на свободной основе. Эта измененная система была выпущена в июне 1994 года под названием 4.4BSD-Lite. (Последним выпуском университета в июне 1995 года был 4.4BSD-Lite, выпуск 2.) На данный момент по условиям правового урегулирования требуется, чтобы в BSDi, FreeBSD и NetBSD их база Net/2 была заменена исходным кодом 4.4BSD-Lite. Как отмечено в публикации [McKusick et al., 1996], хотя эти обстоятельства привели к замедлению процесса разработки версий, производных от BSD, был и положительный эффект. Он заключался в том, что эти системы были повторно синхронизированы с результатами трехлетней работы, проделанной университетской группой Computer Systems Research Group со времени выпуска Net/2.
Номера версий ядра Linux
Подобно большинству свободно распространяемых продуктов, для Linux практикуется модель ранних (release-early) и частых (release-often) выпусков, поэтому новые исправленные версии ядра появляются довольно часто (иногда чуть ли не каждый день). По мере расширения круга пользователей Linux каждая модель выпуска была настроена так, чтобы не влиять на тех, кто уже пользуется этой системой. В частности, после выпуска Linux 1.0 разработчики ядра приняли систему нумерации версий ядра