В конструкции новой орудийной установки Уайта тонкие подбарбетные прикрытия «адмиралов» были заменены мощным вертикальным бронированием, простиравшимся вниз до уровня верхней кромки главного пояса. Барбетные плиты имели толщину 432 мм (406 мм в тыльной части). Орудия стояли открыто и проёмы сверху являлись уязвимым местом. Подобный недостаток, составлявший первоначально также особенность барбетов трёх итальянских броненосцев серии «Сардиния», повторявших барбеты «адмиралов», был оперативно исправлен -итальянцы снабдили орудийные установки по верху барбетов горизонтальным бронированием. В дальнейшем это решение заимствовали для всех последующих британских тяжёлых кораблей
Расположение вспомогательной артиллерии воспроизводило аналогичное на крейсерах «Блэйк» и «Бленхейм» программы 1888 г. – орудия на верхней палубе прикрывались щитами, в то время как 6" на средней палубе заключались в броневые казематы. Это хорошо подходило для орудий, далеко отстоящих друг от друга, но для расположенных на средней палубе подобные инструкции Совета Уайту положили начало установлению порочной практики, которой ещё целых 10 лет придерживались как в британском, так и в других флотах, несмотря на совершенно явные недостатки – низкие и сырые помещения, захлёстываемая волнами батарея и невозможность использовать орудия средней палубы на ходу в море.
Уайт желал заключить в казематы и орудия на верхней палубе, но Совет указал на необходимость содержания верхней палубы максимально свободной, так что место хватало только для прикрытия их щитами. Однако в своих расчётах Уайт доказал возможность установки этих орудий в казематах, если потребуется, и когда препоны против этого решения, по опыту службы кораблей, пали, появилась возможность конструктивной реализации этих важных элементов защиты – правда, для этого потребовалось целых 10 лет.
Противоосколочные щиты предназначались для защиты расчётов палубных орудий, но впоследствии опыт японо-китайской войны продемонстрировал, что в бою эти прикрытия абсолютно бесполезны и, более того, даже вредны. Единственное, на что они были способны – это улавливать те снаряды, которые, если бы их не было, пролетели бы мимо; при попадании этих снарядов в щиты на всё вокруг, в том числе и на расчёты соседних орудий, низвергались фонтаны осколков. Если же эти случайные снаряды не попадали в щиты орудий стреляющего борта, то, пролетев над верхней палубой, они могли залететь, как в воронку, в щиты орудий противоположного борта – с не меньшим эффектом. После «соверенов» в Королевском флоте вернулись к проверенному временем эмпирическому правилу, согласно которому толщина броневой защиты орудия должна примерно равняться его калибру – или же следовало оставлять его безо всякой защиты.
С точки зрения требований Барнаби к вспомогательному вооружению линкора для подобного водоизмещения 10 пушек «соверенов» являлись довольно постным вкладом в их ударную мощь, но Уайт всякий раз отмечал, что эти скорострельные орудия вместе с их установками и боезапасом равноценны по меньшей мере двадцати 6" пушкам прежнего типа при прежней стандартной норме боезапаса. Суммарный же их вес превышал 500 т, что было в два с лишним раза больше веса шести 120мм скорострельных пушек «Трафальгара» и почти равнялось всему весу вооружения «Фьюри» в его исходном проекте 1870 г.
57-мм (6-фунтовые) пушки были широко разбросаны по кораблю на верхней и средней палубе, 47-мм (3-фунтовые) установили на навесной палубе и боевых марсах. Вместо прежних 356-мм торпед корабли получили 457-мм торпеды новой модели, а во время модернизации первоначально установленные семь торпедных аппаратов уменьшили в числе до трёх.
Бронирование
Вследствие введения в проект ещё одной палубы корабли получили увеличенную высоту надводного борта, а схема их броневой защиты сочетала наиболее удачные решения «Энсона» и «Трафальгара». Главный пояс длиной 76,2 м прикрывал 2/3 длины ватерлинии и имел высоту 2,6 м (из них 1,5 м ниже ватерлинии) и перекрывался поперечными траверзами – носовым в 406 мм и кормовым в 356 мм. В процессе обсуждения проекта Уайт высказал пожелание о прикрытии носа от форштевня до цитадели лёгкой бронёй для поддержания скорости при ведении боя на носовых курсовых углах, но по заключению Комитета, конфирмированному Советом, оконечности были оставлены небронированными: подводную броневую палубу в сочетании с подразделением на мелкие отсеки сочли достаточной защитой. На место угольной защиты «Энсона» и 457-мм брони «Трафальгара» «Ройал Соверен» получил верхний пояс из 127-мм гарвеевской брони (на «Рэмиллис», «Рипалс», «Ривендж» и «Ройал Оук» – никелевой стали), за которым располагались угольные ямы значительной глубины. Этого, как считалось, было достаточно для того, чтобы обеспечить разрыв снаряда среднего калибра и предотвратить свободное пробивание борта в этом месте снарядами скорострельных орудий, тогда только входившими в употребление.