Выполняя работу за МТК, С.К. Ратник добился окончательного решения о фиксировании величины явно увеличивающего водоизмещения, что требовалось для определения положения машин и других составляющих нагрузки. Для этого требовалось поднять грузовую ватерлинию, или нижний броневой шельф, на 152 мм (как это следовало из разрешения генерал-адмирала об увеличении осадки) и непременно предусмотреть весомый запас водоизмещения, необходимость которого С.К. Ратник обосновывал в письме от 8 июля 1903 г. Эти и другие неопределенности и неувязки проекта, вызывавшиеся поверхностно-академическим отношением МТК к решению возникших вопросов и касавшиеся, понятно, обоих кораблей, заставляли заводы, добиваясь полной определенности в деталях, воздерживаться от начала сборочных работ на стапеле. Этого требовал опыт огромной перегрузки броненосцев типа "Бородино".
Работы на "Андрее Первозванном" начались только 2 марта 1904 г., а на "Императоре Павле I" и того позже — 14 октября. Порочная, ни в чем не изменившаяся практика разработки рабочих чертежей параллельно с процессом постройки и в дальнейшем продолжала вносить сбои в работу. Трудности возникли и с изготовлением форштевня. Его сложную отливку с приливом для носового аппарата Путиловский завод выполнил в неразъемном виде и поэтому МТК, в нарушение обычаев, согласился не испытывать ее традиционным способом сбрасывания на землю с высоты. Строителем "Андрея Первозванного" стал младший судостроитель (по табели о рангах это соответствовало чину подполковника) В.Я. Афонасьев. Участник постройки многих кораблей в качестве помощника строителя, он с января 1903 г. был строителем заградителя "Волга". В марте 1904 г. стал одновременно и. д. старшего судостроителя Санкт-Петербургского порта.
Сталь для корпуса поставлял Путиловский завод. Все броневые плиты и палубную броню изготовлял Ижорский завод. Оказалось, однако, необходимым, несмотря на огромный опыт бронирования броненосцев изменить конструкцию узла крепления борта (по отсеку бортового коридора) между батарейной и нижней палубами. Бимсы (расстояние между ними 1,22 м) были усилены.
Главные механизмы проектировал и изготовлял Франко-русский завод, имевший опыт подобного заказа для броненосцев "Император Николай I" (1889) и "Бородино" (1901). Но если заказ для "Бородино" заводу поручали при условии полного копирования по французским чертежам броненосца "Цесаревич", то теперь завод проектировал машины самостоятельно. Чертежи их общего расположения были одобрены 30 апреля 1904 г., а контракт подписан 3 августа 1904 г. Невероятно, но факт: строя два совершенно однотипных корабля, машины для них заказали разные. По спецификации Франко-русского завода, диаметры цилиндров главных машин "Андрея Первозванного" составляли 1070, 1615 (два цилиндра среднего давления) и 1940 мм, ход поршня 1030 мм.
Задачей однотипности машин никто в МТК не задавался, и в результате соответствующие цифры размерений машин "Императора Павла I" составили 933, 1524 (цифра 1424 мм в книге "Балтийский судостроительный" ошибочна), 1792 и 1143 мм. Воистину, как сказал бы великий баснописец, "слона" — то есть необходимости полной однотипности машин — никто и не приметил. Так было удобно и заводам, и МТК — не надо связывать себя согласованием чертежей. Голоса же флота — уже разгромленного — и вовсе не прозвучало. Состоялась, и то по инициативе Д.В Скворцова и только для "Андрея Первозванного" унификация электрических водоотливных турбин. Письмом от 2 октября 1904 г. Главному инспектору кораблестроения он предлагал отказаться от прежде существовавшего принципа назначать подачу, или как тогда говорили, "производительность" водоотливных насосов, исходя из требования — в течение 1 часа откачать воду, заполнившую весь объем отсека, где расположен насос. Опыт показал, что задача отливных насосов состоит не в "спасении тонущего судна", а лишь в удаление из отсека фильтрационной воды. Для решения такой задачи мощность насосов можно уменьшить и сделать ее одинаковой. И в МТК вняли предложению Д.В. Скворцова вместо назначенных по спецификации трех типоразмеров (8 по 800 т/час, 2 по 300 т/час, 1 по 500 т/час) водоотливных насосов заменить на 11 с подачей по 500 т/час.
Отказались и от еще большего анахронизма — применения резервных ручных водоотливных помп Стона. Имея пар в котлах, писал Д.В. Скворцов 4 декабря 1904 г., — всегда возможно воспользоваться пожарными помпами Вортингтона для целей скачивания палубы и тушения пожара. Но эти маленькие шаги навстречу прогрессу не изменили существа проекта: основные заказы по нему продолжали осуществлять по довоенной спецификации.