Поскольку в Турции для ремонта такого большого корабля не имелось подходящего по размеру дока, потребовались работа водолазов по обследованию повреждений и постройка на берегу кессонов для заделки пробоин. Прибывшие из Германии водолазы с большим искусством произвели под водой автогенную резку поврежденной части бокового киля, свернутого в трубу и мешавшего укреплению у борта кессона. Второй работой водолазов было обследование подшипников гребных валов, имевших слабину до 20 мм.
До окончания постройки кессонов, имевших водоизмещение 360 т (глубину 10 м, длину 17 м и ширину 3 м) приступили к заделке большой пробоины по левому борту (64 кв.м). Работы состояли в очистке вогнутых внутрь кромок обшивки с помощью автогенной резки и в удалении скопившихся обломков частей набора корпуса. Предусматривалось восстановление прочности и водонепроницаемости наружной обшивки, а затем противоторпедной переборки. При этом "Гебен" трижды (31 декабря 1914 г., 14-го и 25 января 1915 г.) рискнул выйти в Черное море, главным образом для введения русских в заблуждение относительно своей боеспособности.
Для ремонта подшипников валов на берегу были построены еще четыре кессона высотой 10 м, длиной 17 м и шириной 7 м. Их по отдельности подводили в район ремонтируемого гребного вала и по осушении внутреннего пространства кессона втягивали вал внутрь корабля. Эту работу с хорошим качеством выполнили рабочие Государственной верфи из Киля и Вильгельмсхафена, так что линейный крейсер находился в боевой готовности до конца войны. Постройка кессонов и ремонт корабля продолжались 4 месяца. В 20-х числах февраля 1915 г. заделали меньшую пробоину по правому борту, а к 28 марта и по левому борту, но не до конца. Военная обстановка на Черном море потребовала выхода линейного крейсера в море на боевые операции.
С 1 по 4 апреля 1915 г. "Гебен" и "Бреслау" прикрывали отряд турецких кораблей, вышедший для обстрела Одессы. При этом в районе Одесской банки подорвался на мине заграждения и затонул на глубине 13 м легкий крейсер "Меджидие", позже поднятый русскими водолазами, отремонтированный и введенный в состав Черноморского флота под названием "Прут". В свою очередь "Гебен" и "Бреслау" потопили у крымских берегов два русских парохода.
На рассвете 3 апреля к Босфору вышла эскадра Черноморского флота в составе 5 линейных кораблей, 3 крейсеров и 10 эскадренных миноносцев. В момент выхода эскадры из Севастополя с береговых постов в море были обнаружены два больших дыма. Крейсер "Память Меркурия", а затем и эскадренные миноносцы 1-го дивизиона были высланы вперед для опознания неизвестных кораблей. Остальные корабли эскадры, увеличив ход, направились вслед за ними.
Одновременно в море вылетели самолеты береговых отрядов морской авиации, которые обнаружили и опознали "Гебен" и "Бреслау", немедленно начавшие отход к Босфору. Преследование их продолжалось весь день. К вечеру командующий русским флотом приказал выйти вперед для атаки кораблей противника эскадренным миноносцам, однако это распоряжение запоздало. На дистанцию торпедного залпа смог выйти лишь один "Гневный", который выпустил три торпеды с дистанции 3700 м (20 каб.). Но это не принесло успеха. На рассвете 4 апреля в момент подхода к проливу находящаяся на позиции подводная лодка "Нерпа" обнаружила "Гебен", но за дальностью расстояния атаковать не смогла.
По возвращении в Константинополь возобновились работы по укреплению кессона по левому борту. 7 апреля занялись заделкой самой пробоины, которую окончили к 1 мая 1915 г. Находясь в Дарданеллах, "Гебен" не подвергался атакам, хотя англичане пытались проникнуть в Мраморное море. Наконец кессоны были сняты, и он использовался для обороны Босфора у его южного входа вдоль внутренней кромки минного поля. 2 мая 1915 г. его направили в Дарданеллы, чтобы обстрелять перекидным огнем через полуостров Галлиполи английские корабли, но эта операция была отменена.
Во время попыток Антанты осуществить прорыв кораблей в Константинополь с запада через Дарданеллы, поддержанных действиями русских кораблей со стороны Босфора, для усиления береговой артиллерии Дарданелл "Гебен" 2 мая передал на турецкий сухопутный фронт два 150-мм орудия и 6 пулеметов с расчетами. Батарея № 4 в составе двух 150-мм орудий левого и правого борта была снята для установки в Ин Топе на азиатском берегу Дарданелл. Одно из них вышло из строя ещё при перевозке, другое уничтожили в января 1916 г. Последнее было заменено третьим орудием с "Гебена".
Первые два орудия уже никогда не вернулись на корабль, а третье позднее заменили орудием,присланным из Германии. Таким образом, с мая 1915г. "Гебен" имел на вооружении только 10 150-мм орудий.