Размещение экипажа на "Нептуне" по жилым отсекам шло вразрез всем традициям на британском флоте, когда матросы располагались в кубриках носовой части, а офицеры в относительно просторных каютах в корме. Следуя указаниям Первого Морского Лорда адмирала Д. Фишера, начиная с "Дредноута" на всех последующих линкорах размещение экипажа было поставлено "с ног на голову": адмиральские апартаменты, салон, кают-компания и все офицерские каюты находились в носу, а кубрики матросов и старшин - в корме. Такое решение Фишера было вызвано тем, чтобы максимально приблизить офицеров к их основным боевым постам в рубках и на мостике, а матросов к котельным и машинным отделениям.
На линейном корабле "Нептун" размещение экипажа было следующим: каюта командира корабля и кают-компания старших офицером располагалась на верхней палубе перед носовой башней "А"; рядом, ближе к носу, располагалась кают-компания младших офицеров; ниже кают- компаний располагались офицерские каюты. Для личных вещей офицеров были предусмотрены рундуки.
Большинство предметов мебели были металлическими. На средней палубе, ниже офицерских кают, располагались ванные комнаты для офицерского состава. Кубрики рядового состава размещались в корме на средней палубе, там же ближе к концевому барбету башни "X" размещалась столовая команды. Над кубриками рядового состава на главной палубе располагался лазарет. Там же ближе к миделю располагались бани для матросов и кочегаров. На время боевых действий на главной палубе на уровне концевых кормовых башен устраивались кубрики для сержантов морской пехоты.
Наружный вид центральной части линейного корабля "Нептун" после 1-и модернизации. 1914 г.
Наружный вид центральной части линейного корабля "Нептун" после 2-й модернизации. 1916 г.
Модернизации
Через три года после завершения постройки (1911г.) "Нептуна" передняя часть навесной палубы была демонтирована, что несколько подпортило внешний вид, хотя у некоторых было мнение, что это придало кораблю некоторую "легкость" и более "просторное" очертание, но при этом разрушало целостность его первоначальной архитектуры. Даже при беглом осмотре "Нептуна" бросались в глаза характерные черты, присущие только этому кораблю: громоздкая навесная шлюпочная палуба в средней части; необычное расположение орудийных башен; удлиненный носовой мостик охватывавший переднюю дымовую трубу; расположенная на подвесной палубе и выступавшая над ей компасная площадка между двумя дымовыми трубами; высокая треногая, грот-мачта, отнесенная ближе к корме от второй дымовой трубы. В последующие годы внешний вид "Нептуна" неоднократно менялся.
Установленный в 1911-1912 гг. на топе фок-мачты командно-дальномерный пост (КДП) в плане был узким. На верхнюю часть обеих дымовых труб белой краской были нанесены опознавательные марки. В 1912-1913 гг. штурманский мостик был несколько удлинен в передней части. Была увеличена высота передней дымовой трубы в целях уменьшения задымленности мостиковой надстройки. В конце сентября 1913 года расположенная на верхней платформе носовой надстройки открыто стоящая четырехорудийная 102-мм противоминная батарея снаружи была обшита броневыми листами, образовав таким образом орудийные казематы. В экспериментальных целях расположение всех прожекторов было перераспределено заново, кроме двух пар, оставленных на грот-мачте в качестве резервных. Были убраны все прожекторы, ранее установленные на носовом мостике, а также две пары с носовой прожекторной платформы треногой грот-мачты и добавлены три прожекторные платформы, установленные над носовым мостиком, на каждой из которых разместили по паре прожекторов. Две пары прожекторов установили на самой высокой платформе мостиковой конструкции рядом с носовой дымовой трубой.
Все 102-мм противоминные орудия, располагавшиеся в казематах носовой надстройки в качестве защиты получили противоосколочные экраны. В августе 1914 года в связи с началом военных действий на всех дымовых трубах закрасили опознавательные марки.
В 1914-1915 гг. два открыто стоящих на верхней платформе палубной надстройки в середине корабля 102- мм противоминных орудия покрыли с верху стальным листовым настилом. Все прожектора, размещенные на грот-мачте, имели для установки индивидуальные платформы. На квартердеке в его кормовой части по правому борту было установлено 3-дюймовое зенитное орудие. Была демонтирована носовая часть навесной шлюпочной палубы из-за опасения повреждения 12-дюймовых орудийных башен, расположенных ниже, в случае обрушения из-за повреждений, полученных в бою. С обеих мачт сняты брам-стеньги, а с грот-мачты еще и стеньга. В качестве камуфляжа на корпусе корабля вдоль всей его средней части протянулась темно-серая полоса.