С началом войны французский Атлантический флот реорганизовали в несколько поисковых групп. "Дюнкерк" и "Страсбург" вместе с авианосцем "Беарн", тремя легкими крейсерами и 8 самыми новыми эсминцами образовали 1-ю эскадру или Рейдерское Соединение, 'базирующееся на Брест. Это соединение под командованием вице-адмирала Марселя Женсуля создали исключительно для перехвата немецких "карманных линкоров", т.к. было известно, что по меньшей мере два из них находятся в море Кроме того, эту группу можно было использовать для эскортирования наиболее важных атлантических конвоев между о.Ушан и Азорскими островами и островами Зелёного мыса и м.Пальм (Гвинейский залив). Британское Адмиралтейство было очень заинтересовано в активных действиях новых французских кораблей, поскольку само не располагало быстроходными линкорами для действий против немецких рейдеров – "карманных линкоров" и линейных крейсеров "Шарнхорст" и "Гнейзенау".
2 сентября Рейдерское Соединение вышло из Бреста для прикрытия перехода в Касабланку крейсера-заградителя "Плутон", который должен был поставить оборонительное заграждение у Марокканского побережья (погиб 13 сентября от взрыва своей же мины, повторив судьбу русского "Енисея" под Порт-Артуром), и перехода крейсера "Жанна д’Арк" на Мартинику. 6 сентября оно вернулось в Брест для участия в поисках лайнера "Франс". Во время этой операции "Дюнкерк" понес первые потери – один его гидросамолет погиб, а другой был поврежден.
30 сентября пришло сообщение, что английское судно "Климент" потоплено "карманным линкором" "Адмирал граф Шпее", который по данным разведки находился где-то в южной Атлантике. Английское и французское Адмиралтейства решили организовать поисковую группу (англичане называли такие отряды "киллер групп") с базированием на Дакар. 7 октября "Страсбург" и два дивизиона эсминцев вышли из Бреста и за пределами порта соединились с английским авианосцем "Гермес" и сопровождавшими его тремя французскими эсминцами. Спустя три дня поисковую группу, именуемую теперь Соединением "X" (Икс), усилили французские тяжелые крейсера "Альжери" и "Дюпле" с двумя эсминцами, переброшенные из Средиземноморской эскадры. В командование соединением вступил вице-адмирал Дюплат, выбравший флагманом "Альжери". 16 октября группа перехватила и потопила артогнём немецкое торговое судно "Галле" (по немецким данным экипаж сам затопил его), затем вернулась в Дакар и 23 числа снова вышла на патрулирование. Уже 25-го Соединение "X" захватило немецкое судно "Санта Фе" и снова вернулось в Дакар для дозаправки топливом эсминцев. Поиски "Адмирала Шпее" продолжались конец октября и весь ноябрь, но оказались безуспешными. В конце месяца "Страсбург" вернулся в Брест, где на верфи в декабре прошел текущий ремонт. В том же декабре "Адмирал Шпее" был перехвачен английской крейсерской группой у устья реки Ла- Плата, поврежден в бою, загнан в нейтральную гавань Монтевидео, где без надежды на прорыв был взорван экипажем.
Тем временем "Дюнкерк", возглавивший другую поисковую. группу, 22 октября вышел в море для прикрытия конвоя KJ3 из Кингстона (о. Ямайка), поскольку разведка донесла, что возможен его перехват другим "карманником"- "Дойчландом". Группа охраняла конвой до прихода его в безопасный район, после чего вернулась в Брест.
Активность французских кораблей в первые месяцы войны получила высокую оценку союзников и 8 ноября Черчилль сказал в палате общин: "Я хочу обратить ваше внимание на замечательный вклад в общее дело французского флота, который за много последних поколений никогда не был таким мощным и эффективным, как сейчас". Да и позднее он писал в мемуарах, что помощь Франции на море в начале войны превысила все ожидания.