Эта работа Пенелопы нисколько не угнетала молодую женщину. Напротив, во время перерывов она скучала и требовала продолжения. Отпуская переписанное в Москву, она точно отпускала ребенка и боялась, что ему причинят вред. В своей автобиографии Софья Андреевна рассказывает: «Часто, переписывая, я недоумевала и не понимала, почему переправлялось и уничтожалось то, что казалось мне так прекрасно; и радовалась, когда восстановлялось исключенное… Я так вникала всей душой в то, что переписывала, что сама начинала чувствовать, что не совсем складно, а именно: где частые повторения одного слова, длинные периоды, где надо переставить знаки, уяснить смысл и проч. На все это укажешь Льву Николаевичу. Иногда он обрадуется моим замечаниям, а иногда растолкует, почему именно так надо, скажет, что мелочи не важны, а важно общее… Переписывая я иногда позволяла себе делать замечания и просить выкинуть все то, что считала недовольно чистым для чтения молодежи, как, например, сцены цинизма красавицы Элен (в «Войне и мире»), и Лев Николаевич уступал моим просьбам. Но часто в жизни моей, переписывая поэтические и прелестные места в сочинениях моего мужа, я плакала не только от того, что меня трогало, но просто от художественного наслаждения, переживаемого мной вместе с автором…»
Понемногу девочка, думающая мыслями и говорящая словами мужа, растет и проявляет свою самостоятельность. Она вводит некоторые усовершенствования в обстановке и домашнем хозяйстве. Муж добродушно ворчит иногда на ее предприимчивость: он не любит нововведений.
Она завладевает, например, удивительной подушкой, на которой спит муж, и кладет вместо нее шелковую, пуховую, покрытую наволочкой.
— Левочка, — робко говорит она, — тебе покойнее будет спать на большой…
Лопухи и репейник вокруг дома удручают ее. После долгой нерешительности, она приказывает, наконец, вычистить все около дома, дорожки посыпать песком, разбить кое-где клумбы, насадить цветы…
— Не понимаю, к чему это? — ворчит Лев Николаевич. — Прекрасно жили и без этого.
Но, заразившись примером, он сам велит красить скамейки в саду, чистить дорожки и аллеи.
Она своей властью разрешает трудный вопрос о снабжении усадьбы хорошей питьевой водой и заставляет возить ее за версту, из речки Воронки. Мало-помалу она забирает в руки все домашнее хозяйство, вводит свои порядки и окружает мужа теми неустанными заботами, которыми он пользовался почти до конца дней своих. Как-то в Ясную заехал довольно известный писатель граф Соллогуб. Присмотревшись к молодой чете, он сказал Софье Андреевне: «Вы настоящая нянька таланта своего мужа, и продолжайте в этом направлении жить всю вашу жизнь».
По окончании большого романа («Война и мир»), Толстой снова вернулся к увлечению педагогической деятельностью. Не оставляя беллетристики и работая время от времени над историческими романами («Декабристы», «Петр I»), он большую часть своих сил посвящал подведению теоретических итогов своей педагогической деятельности шестидесятых годов. Он издал две книги для начального обучения («Азбуки»), в которых применил свои идеи о наилучших методах преподавания грамоты. На этот раз он уже пользовался такой известностью, что нападки его на общепринятые методы не могли остаться незамеченными. Завязалась полемика, которая особенно усилилась с появлением в «Отечественных Записках» (самом распространенном журнале того времени) боевой статьи Толстого «О народном образовании». Эта статья вызвала целую бурю. Уйдя с головой в это новое увлечение, Толстой не довольствовался статьями. Он выступил публично в Москве в Комитете Грамотности с защитой своего метода и выдержал целое состязание: две школы работали при Комитете Грамотности параллельно, одна по звуковому методу, другая по толстовскому — слово-слого-слагательному. Он собирал в Ясной Поляне учителей окрестных школ, вел с ними занятия и собеседования. Он мечтал и хлопотал об устройстве в деревне «университета в лаптях» — такого высшего училища, в котором наиболее способные крестьянские дети могли бы продолжать свое образование, не выходя из условий деревенской жизни. Проверяя на практике свои теоретические выводы, Толстой в начале 1872 года снова открыл в Ясной Поляне школу для крестьянских детей и привлек к преподаванию в ней всю семью и гостей. Софья Андреевна пишет сестре:
«Мы вздумали после праздников устроить школу, и теперь каждое после-обеда приходит человек 35 детей, и мы их учим. Учит и Сережа, и Таня, и дядя Костя, и Левочка, и я. Это очень трудно учить человек 10 вместе; но зато довольно весело и приятно. Мы учеников разделили, я взяла себе 8 девочек и двух мальчиков. Таня и Сережа учат довольно порядочно, в неделю все знают уже буквы и склады на слух. Учим мы внизу, в передней, которая огромная, в маленькой столовой под лестницей и в новом кабинете. Главное то побуждает учить грамоте, что эта такая потребность, и с таким удовольствием и охотой они учатся все».