в 1777 году во иеромонаха и в 1785 году избран в казначеи по общему согласию. Мы видели, насколько его любил и ценил о. Пахомий. По смерти последнего в 1794 году о. Исайя был назначен настоятелем Саровской пустыни.
Строгий монах-подвижник, о. Исайя поощрял братию к иноческим подвигам и тем приобрел доверенность и расположение к себе братства. Слава о его добродетелях скоро достигла отдаленнейших мест и привлекла к нему немалое число иноков и мирских людей, ищущих своего спасения. Отец Исайя заботился также о приведении пустыни в большее благоустройство и сохранении порядка, утвержденного покойным настоятелем о. Пахомием. Саровская обитель за соблюдение строгих правил монашеских была уважаема и иерархами, которые славились в свое время особенным даром учительства и добродетельной жизнью. Так, Никифор, архиепископ Астраханский, имел переписку с о. Исайей. Последний был также сострадателен к нищим и убогим и строго наблюдал, чтобы на них были, по древнему обыкновению, употребляемы избытки монастырских доходов. Издревле была заведена в Сарове раздача 1 октября, в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, одежды, платья, полушубков, кафтанов, сапог и рукавиц. Оттого к этому дню приходило множество бедных. По окончании литургии их собирали в ограду на гостиный двор и наделяли платьем, смотря по нуждам.