В 1780 году Прохор тяжко заболел, и все тело его распухло. Ни один врач не мог определить вида его болезни, но предполагали, что это сделалась водяная болезнь. Недуг длился в продолжение трех лет, из которых не менее половины Прохор провел в постели. Строитель о. Пахомий и старец о. Исайя попеременно ходили за ним и почти неотлучно находились при нем. Тут-то и открылось, как все, и прежде других начальники, уважали, любили и жалели Прохора, бывшего тогда еще простым послушником. Наконец стали опасаться за жизнь больного, и о. Пахомий настоятельно предлагал пригласить врача или, по крайней мере, открыть кровь. Тогда смиренный Прохор позволил себе сказать игумену: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу, и Пречистой Его Матери, если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством — причастием Св. Тайн». Старец Иосиф по просьбе Прохора и собственному усердию особо отслужил
В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомий, предприняты были в Саровской пустыни многие нужные постройки. В числе их на месте кельи, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых и при больнице церковь о двух этажах с престолами, в нижнем — во имя свв. Зосимы и Савватия, чудотворцев Соловецких, в верхнем — во славу Преображения Спасителя. Прохор, после болезни молодой еще послушник, был посылаем за сбором денег в разные места на сооружение церкви. Благодарный за свое исцеление и попечение начальства, он с охотой понес трудный подвиг сборщика. Странствуя по ближайшим к Сарову городам, Прохор был и в Курске, на месте своей родины, но не застал уже матери своей в живых. Брат Алексей, со своей стороны, оказал Прохору немалую помощь для построения церкви. Вернувшись домой, Прохор, как искусный столяр, построил собственными руками престол из кипарисного дерева для нижней больничной церкви, в честь преподобных Зосимы и Савватия.
В течение восьми лет юный Прохор был послушником. Наружный вид его к этому времени изменился; будучи высокого роста, около 2 аршин и 8 вершков, несмотря на строгое воздержание и подвиги, он имел полное, покрытое приятной белизной лицо, прямой и острый нос, светло-голубые глаза, весьма выразительные и проницательные, густые брови, светло-русые волосы на голове. Лицо его окаймлялось густой окладистой бородой, с которой на оконечностях рта соединялись длинные и густые усы. Он обладал большой физической силой, имел мужественное сложение, увлекательный дар слова и счастливую память. Теперь он прошел уже все степени монастырского искуса и был способен и готов принять монашеские обеты.