Не забывал Шебаршин и о своей личной оперативной работе, о чём следует сказать особо. Не все руководители и коллеги это воспринимали как должное, но для него это было делом чести, важным этическим принципом: он был убеждён, что каждый руководящий сотрудник разведки должен лично заниматься живой оперативной работой в самом прямом смысле этого слова. Он должен встречаться с источниками (как на территории своей страны, так и за рубежом), получать информацию политического и оперативного характера, работать со связями.
Можно назвать это предубеждением, но Леонид Владимирович считал, что телефоны и бумаги привязывают руководителя к письменному столу, документ нередко становится не результатом оперативного усилия, а лишь его суррогатом, рождённым в недрах кабинетов искусственным, казённо-канцелярским способом. Бумаги подавляют людей. Они живут самостоятельной жизнью, порождают другие бумаги, а за ними исчезают человеческие лица, не видится и не ощущается то нервное напряжение, ценой которого приобретаются источники, поддерживается связь с ними, добывается информация.
Если руководитель время от времени не будет погружаться в живое оперативное дело, он рискует выродиться в канцеляриста, администратора общего профиля, которому не место в разведке.
И ещё. Заместители начальника разведки — люди в службе чрезвычайно авторитетные. Они арбитры в трениях, которые могут возникать и нередко возникают между структурными подразделениями управления, их мнение является окончательным в сложных оперативных ситуациях и кадровых вопросах. Как считал Леонид Владимирович, особенно ответственное и тонкое дело — контакт с оперативными работниками, живое участие в их судьбе, поддержка в трудную минуту. Любые усилия здесь окупятся сторицей. Доброжелательное внимание со стороны начальника стимулирует работника, помогает разрешить какие-то его сомнения, уточнить жизненные ориентиры, поддержать веру в необходимость сложного и специфического дела.
«Обиженные в службе, — писал Шебаршин, — встречаются нередко. Людям вообще трудно даётся правильная самооценка, и мы в этом отношении не исключение. Сколько раз мне приходилось убеждать своих и старых, и молодых коллег, что мнение окружающих, их оценка твоей деятельности — это единственное зеркало, в котором можно увидеть самого себя; что следует искать причины своих трудностей не в обстоятельствах и не в других людях, а в первую очередь в самом себе. Возможно, кого-то подобные беседы-проповеди утомляли, но многим людям удалось помочь добрым участием в их судьбе».
В октябре 1988 года В. А. Крючков был назначен председателем Комитета госбезопасности СССР. Более трёх месяцев разведка оставалась без начальника, и всё это время умы сотрудников, естественно, занимал вопрос: кто же будет преемником Крючкова? Задавался им конечно же и Шебаршин. И решил для себя, что в случае, если ему вдруг поступит такое предложение, ответит отказом — слишком велика ответственность, да и не было у Леонида Владимировича «желания менять ставшую привычной, освоенную работу на неизведанное, близкое к высоким сферам место».
Но всё решилось как-то быстро и неожиданным образом. Вечером 23 января 1989 года Шебаршину позвонил Крючков и предупредил, что ему надо явиться в приёмную генерального секретаря ЦК КПСС к девяти часам утра следующего дня. На этом разговор и закончился. Вот как описывает встречу с Горбачёвым сам Леонид Владимирович:
«В девять ноль-ноль я был на месте, появился Крючков, зашли вместе в приёмную. В кремлёвских коридорах физически ощущаешь атмосферу власти — я там был во второй раз. Прошёл В. И. Болдин — неприметный человек с острым взглядом. Крючков на несколько минут отлучился с ним, вернулся, и мы проследовали в кабинет М. С. Горбачёва. Генеральный секретарь был сух, строг, поздоровался со мной без малейшего видимого интереса и дал короткое наставление. Суть его — Советский Союз идёт к очень серьёзным договорённостям в области разоружения. Важно не допустить, чтобы нас поставили в невыгодное положение. Это главная задача разведки. Примерно так. Я поблагодарил за доверие».
В тот же день было принято постановление Политбюро ЦК КПСС о назначении Л. В. Шебаршина заместителем председателя — начальником Первого главного управления КГБ СССР.
Внешне всё произошло довольно просто и обыденно.