Нечаев умер, как и предсказывал Бакунин. Не дрогнул, не сдался. Он написал письмо царю собственной кровью. Он вел странные переговоры с начальником тюрьмы, обещая тому изложить методы государственного правления в России, которые избавили бы страну от угрозы революции. Однажды к нему в камеру пожаловал генерал. Нечаев встретил его пощечиной, но его не наказали за это. Постепенно, час за часом, день за днем, месяц за месяцем он добился того, что склонил охрану на свою сторону. Он так лихо обработал охранников, что мог, сидя в камере, беспрепятственно связываться с «Народной волей», хорошо слаженной, ловко действующей террористической организацией, готовившей покушение на царя. Был даже такой момент, когда члены «Народной воли» всерьез подумывали, не бросить ли им все силы на освобождение из тюрьмы Нечаева, вместо того, чтобы убивать царя. Все эти планы живо обсуждались в переписке, осуществляемой с помощью охранников; Нечаев так же серьезно им ответил, что предпочел бы своему освобождению убийство царя. Он предложил сразу после совершения акта цареубийства издать тайный указ, якобы от имени Святейшего синода, который оповещал бы всех священников земли русской, что новый царь страдает «помутнением рассудка», и потому им следует тайно творить особую молитву. А для того чтобы «указ» стал немедленно известен всему русскому народу, Нечаев посоветовал закончить его таким предостережением: «Тайну сию не должно передавать кому бы то ни было».
Острый ум, коварство, демоническая энергия и выносливость — вот качества, которые присутствовали у него с избытком. Он выдавал себя за особу, близкую к правящей династии, многозначительно намекая на свое царское происхождение, и почти убедил своих стражей в том, что может унаследовать трон, которого лишили царевича Алексея, законного, но несостоявшегося наследника Петра Великого. Нечаев был подобен молодому льву, яростно раскачивающему клетку; он наводил ужас на всякого, кто хоть раз видел его. Тщедушный телом, он пугал внутренней своей мощью.
Царь Александр II был убит заговорщиками «Народной воли» 1 марта 1881 года на набережной Екатерининского канала.
Для Нечаева этот день стал началом конца. Александр II был сравнительно мягким монархом. Его преемник, узнавший вскоре о связи Нечаева с «Народной волей», был беспощаден. Те из охранников, кто передавал письма Нечаева и заговорщиков, были арестованы и осуждены. Нечаев лишился всех своих привилегий; никто с ним не разговаривал, он влачил свои дни в могильной тишине. Его перевели в камеру номер один, где он был полностью изолирован. Он страдал от туберкулеза, падучей и цинги. Он почти помешался, его преследовали галлюцинации. Ему давали хлеб с водой, немного супа, полбутылки молока и один лимон в день. Ему было предоставлено единственное право — бесследно кануть в вечность. Уготованное ему наказание было нечто иное, как «страстное, полное… и беспосчадное» уничтожение.
22 ноября 1882 года потрясенный стражник вызвал в камеру Нечаева тюремного врача. Тот с опаской переступил порог, его встретила гробовая тишина. В углу лежал мертвый Нечаев. Врач тут же составил рапорт начальнику тюрьмы: «Имею честь сообщить, что узник из камеры номер один Алексеевского равелина умер ноября двадцать первого около двух часов ночи. Смерть последовала в результате падучей, осложненной цингой».
Известие о смерти Нечаева долго держали в тайне. Но среди уцелевших членов «Народной воли» память о нем была жива. Они помнили «Катехизис революционера» и беспримерную отвагу и мужество человека, наводившего такой ужас на государственную власть, что он сделался «личным» узником самого царя. Они даже простили ему бессмысленное, ничем не оправданное убийство Иванова, совершенное им день в день за тринадцать лет до его собственной смерти. Для народовольцев это был герой, революционер, не знавший компромиссов, образец великолепного самообладания, мудрый, все постигший вожак. Он для них стал легендой. Этот шантажист, вымогатель, лжец, совратитель, убийца — был прощен; ему были отпущены все грехи за то, что он умел быть безгранично отважным.
Достоевский в «Бесах» нарисовал жутковатый портрет этого политического авантюриста. В своих записных книжках Достоевский не раз возвращался к теме «нечаевского чудовища», одержимого ненасытной жаждой разрушения во вселенском масштабе.