Решение о его физическом уничтожении принимал Ленин вместе со Свердловым, вероятно, без всякого согласования с другими членами ЦК. И снова та же цель — «оскорбить» и тем самым нанести врагу непоправимый психологический удар. Император, императрица, великие княжны — Ольга, Татьяна, Мария. и Анастасия, юный цесаревич Алексей, его личный врач, горничная царицы, камердинер царя и повар содержались под строгим арестом в доме Ипатьева в Екатеринбурге. В ночь на 17 июля «все вышеназванные» были расстреляны, забиты прикладами и проколоты штыками. Не пощадили даже прислугу и врача. Несколько дней спустя в Екатеринбург вошли белогвардейцы и чехословаки. Поначалу о судьбе царской семьи ничего не было известно. Но постепенно выявлялись новые и новые улики преступления, и, наконец, их собралось достаточно, чтобы картина произошедшего была восстановлена до мельчайших деталей. На дне глубокой заброшенной шахты близ деревни Коптяки, в двадцати с лишним километрах от Екатеринбурга, были обнаружены останки несчастных жертв кровавого злодеяния. Среди документов, брошенных бежавшими большевиками, нашлась и зашифрованная телеграмма, подписанная Белобородовым, председателем Уральского областного исполкома. Она гласила: «Передайте Свердлову, что все семейство постигла та же участь, что и главу. Официально семья погибнет при эвакуации. Белобородов».
Царская семья перешла к большевикам «по наследству» от Временного правительства. Арестованный сразу после Февральской революции, император смирился со своей участью, словно уже давно ожидал подобной развязки. Он даже с каким-то облегчением воспринял перемену — теперь ему не надо было править народом, с которым ему всегда так было трудно. Тихий, безобидный, задумчивый, богобоязненный, совершенно неспособный ни на гнев, ни на проявление твердой воли — таков был царь. Создается впечатление, что он с той же покорностью, с какой взошел на царство, отдался в руки своим гонителям и палачам. За миг до смерти его последним жестом было заслонить собою сына, но он тут же был сражен выстрелом в лицо, в упор. Царицу, великих княжен Ольгу, Татьяну и Марию, доктора, камердинера и повара изрешетили пулями, и они скончались сразу. По каким-то причинам с великой княжной Анастасией и горничной императрицы Анной Демидовой расправились иначе — обе они были заколоты штыками и забиты прикладами ружей. Инструкция была — истребить, а уж каким способом, предоставлялось решать исполнителям.
В своих дневниках Троцкий передает разговор со Свердловым, который произошел после захвата Екатеринбурга белогвардейцами. Он спросил Свердлова, что сталось с царем, и тот сообщил ему, что царь убит вместе со всем семейством.
«— Все? — спросил я, по-видимому, с оттенком удивления.
— Все! — ответил Свердлов. — А что?
Он ждал моей реакции. Я ничего не ответил.
— А кто решал? — спросил я.
— Мы здесь решали. Ильич считал, что нельзя оставлять белым их живого знамени, особенно в нынешних трудных условиях».
Троцкий был осторожен и не выдал своего внутреннего смятения, но главный вопрос все-таки задал: «Кто решал?» Больше он вопросов не задавал. Он выразил согласие с принятым решением, хотя до того с нетерпением ждал, когда царь будет доставлен в Москву, чтобы можно было предать его открытому пролетарскому суду. Ленин более реально смотрел на дело: он сомневался в эффективности показательного процесса. Окончательное решение было за ним. И вот что пишет Крупская в своих мемуарах: «Чехословаки стали подходить к Екатеринбургу, где сидел в заключении Николай II. 16 июля он и его семья были нами расстреляны, чехословакам не удалось спасти его, они взяли Екатеринбург лишь 23 июля». Для нее тут все было просто, наверняка и для Ленина тоже.
В действительности все было совсем не так уж просто. Проблемы были, и серьезные. Пройдет много лет, и Троцкий в своих дневниках, выражая мнение большевистских вождей, даст объяснение мотивов расправы над царем, которых было два, и совершенно обособленных. Он писал: «Казнь царской семьи была нужна не только для того, чтобы запугать, ужаснуть и лишить воли противника, но и для того, чтобы вызвать потрясение в собственных рядах, показать им, что назад дороги нет, что впереди либо полная победа, либо полное поражение. В интеллигентских партийных кругах многие не ждали от этого ничего хорошего и качали головами. Но рабочие и солдатские массы не знали ни минуты сомнений. Любое другое решение для них было бы непонятно и неприемлемо. Это Ленин хорошо понимал. Способность думать и чувствовать вместе с массами была свойственна ему в высшей степени, особенно во время поворотных пунктов истории».