Троцкий сумел весьма эффективно организовать работу Реввоенсовета Республики, созданного 2 сентября 1918 года. Этому органу не повезло в историографии. В силу того, что с момента образования и до 1925 года его возглавлял Л.Д.Троцкий… В первом составе Совета были Л.Д.Троцкий, Н.А.Кобозев, К.А.Мехоношин, Ф.Ф.Раскольников, К.Х.Данишевский, И.Н.Смирнов, А.П.Розенгольц, И.И.Вацетис. Председатель Реввоенсовета Республики выделил основные направления работы этого высшего военного органа: оперативно-стратегическое, политической работы, революционных трибуналов, инспекционный. Первое время, когда почти все члены Совета находились на фронтах, заседания этого коллегиального органа проходили редко. По предложению Троцкого, одобренному Лениным, летом 1919 года состав Совета сократили до шести человек - сам председатель и члены: Э.М.Склянский (заместитель председателя Совета), А.И.Рыков, С.И.Гусев, И.Т.Смилга, С.С.Каменев. Это был высший коллегиальный орган по руководству обороной республики. По сути, единственным источником указаний, обязательных для исполнения РВСР, был ЦК большевистской партии.
Уже в 1918 году возникло несколько фронтов, стали формироваться многочисленные армии. Сам Троцкий принимал личное участие в подборе членов военных советов армий. По его рекомендации и с одобрения Ленина находились на должностях членов военных советов фронтов и армий в апреле 1919 года С.И.Гусев, Г.И.Теодорович, П.К.Штейнберг И.С.Кизельштейн, Ф.Ф.Новицкий, А.П.Розенгольц, И.И.Ходоровский. И.Э.Якир, Г.Я.Сокольников, Б.В.Легран и другие большевики. Ленин и Троцкий не скрывали, что эти люди и целый легион комиссаров самых разных рангов должны были прежде всего контролировать деятельность командующих и командиров, в своем большинстве (от полка и выше) бывших старых офицеров, пресекать любые проявления паники или „контрреволюционных поползновений". Ленин с большим одобрением относился именно к такой трактовке Троцким функций комиссаров. Председатель Реввоенсовета требовал от комиссаров „не снимать руки с револьверов".
- Без серьезных и опытных военных нам из этого хаоса не выбраться, - говорил Троцкий Владимиру Ильичу каждый раз после посещения штаба.
- Это, видимо, верно. Да как бы не предали…
- Приставим к каждому комиссара.
- А то еще лучше двух, - воскликнул Ленин, - да рукастых. Не может же быть, чтобы у нас не было рукастых коммунистов?52
В своих прямых фронтовых распоряжениях (и Ленин это хорошо знал) Троцкий был в высшей степени категоричен и конкретен:
„Казань. Реввоенсовет. Раскольникову.
…При сомнительных командирах поставьте твердых комиссаров с револьверами в руках. Поставьте начальников перед выбором: победа или смерть. Не спускать глаз с ненадежных командиров. За дезертирство лица командного состава комиссар отвечает головой…"53
Почти одновременно с телеграммой Раскольникову идет депеша и в Москву, Ленину. Докладывая о причинах казанской катастрофы, Троцкий требует среди различных мер и такую: „…Отсутствие револьверов создает на фронте невозможное положение. Поддерживать дисциплину, не имея револьверов, нет возможностей. Предлагаю т.Муралову и т.Позерну реквизировать револьверы у всех лиц, не состоящих на строевых должностях. Наряду с этим подтянуть Тулу. Без револьверов воевать нельзя…"54