Златоуст знал, что творится у Феофила, и все-таки оставался заседать только с преданными ему епископами. Вдруг однажды он получает от Феофила приглашение явиться на собор [в предместье Халкидона Руфиниану, «при Дубе» , куда переправился Феофил из Константинополя]. Приглашение было выражено в такой форме: «святый собор епископов — Иоанну. Против тебя подано много обвинительных заявлений; поэтому приходи на собор и захвати с {стр. 169} собою Серапиона и Севириана». Епископы, заседавшие с Иоанном заметили, что Феофил не имеет права так поступать с Иоанном. С ним заседают 40 епископов и в том числе 7 митрополитов, а с Феофилом — только 36. К тому же лучше собраться собору в Константинополе, чем в Руфиниане. Златоуст благодарил собор и — с своей стороны — заявил, что он готов идти на собор Феофила, только чтобы исключены были из числа судей его явные враги — Феофил, который еще по пути рассказывал, что едет низложить Иоанна, Акакий верийский, который, недовольный приемом Златоуста, говорил: «я ему заварю кашу» , также Севириан и Антиох. Эти требования не были уважены, и отцы приступили к суду в отсутствие Иоанна.
Дело тогда поставлялось так. Если обвиняемый не являлся, то он, хотя еще не оказывался через то виноватым, но тем самым создавал для себя новый пункт обвинения. 13 заседаний держал этот собор при Дубе (403), 12 заседаний против Златоуста и одно против Ираклида ефесского. Главными обвинителями были диакон Иоанн и монах Исаак сириец. Диакон Иоанн был низложен Златоустом за убийство; но на соборе, обвиняя Златоуста, он заявил, что епископ, лишив его сана, поступил с ним слишком строго. Подобного рода обвинения были вполне законны на соборе, уже заранее решившемся осудить Иоанна. Златоуст был обвинен этим собором по всем тем пунктам, которые были представлены, и объявлен лишенным сана. А так как в числе обвинений было и обвинение в оскорблении величества (causa majestatis), то отцы собора предоставили расследование этого обвинения власти гражданской.
Роль свою Феофил провел мастерски. Судим был первый епископ востока, a Феофил поставил дело не так. С точки зрения Феофила выходило, что он только присутствовал с своими епископами на этом соборе, а судил Иоанна Павел ираклийский, — судил митрополит подчиненного ему епископа. Император имел слабость утвердить приговор собора при Дубе, и Иоанн присужден был к ссылке.
Но последовавшее вскоре за отъездом Златоуста землетрясение побудило императора, вследствие усиленных просьб императрицы, снова возвратить Иоанна в Константинополь, {стр. 170} и святитель торжественно вступил на свою кафедру. Иоанн получил собственноручное письмо императрицы, в котором она писала Златоусту, что у нее нет слов, чтобы выразить свое горе, что она нисколько не виновата во всем случившемся, что она не может забыть, как от Златоуста её дети получили крещение. Таким образом, в верхних кругах горизонт расчищался.
Лишь только в Константинополе стало известно, что любимый пастырь возвращается, как устроено было блестящее торжество: Босфор, покрытый множеством судов, и ближайшие улицы города сияли бесчисленным множеством огней. Но Златоуст очень хорошо понимал свое затруднительное положение и не решился вступить прямо в город. Он послал от себя известие, что только тогда вступит в город, когда больший собор признает его невинность. Поэтому он остановился в своей пригородной даче. Но волнение народа возрастало. Златоуст был увлечен массою народа в город и принужден был вступить в храм св. Апостолов. Здесь он произнес блистательное слово, которое особенно известно многократным повторением слов «благословен Бог». Здесь Иоанн говорил, что он, в сущности, и не разлучался со своею паствою и что надо благословлять только Бога за все случившееся. «Что было хорошего — благословен Бог, что было худого — благословен Бог за то, что оно прошло». Разумеется, что все, что только осталось от собора, должно было разбежаться. Вопли народа раздавались против самого Феофила, что его надо спустить в Босфор. Феофил должен был искать спасения в бегстве.
Но прошло несколько месяцев — и опять начали появляться пятна на расчистившемся горизонте. Опять начали случаться различные недоразумения с аристократией. Случилось вскоре открытие статуи императрицы около храма св. Софии, где Златоуст совершал богослужение. Крики толпы слышны были в самом храме, и это дало Златоусту повод сказать слово, где давались намеки на императрицу: «опять Иродиада беснуется, опять пляшет, опять требует главы Иоанна Крестителя».