Прямыми репрессивными мерами Юлиана по отношению к христианам были — 1) отстранение их от общественных должностей и 2) стеснение в получении классического образования. Эти меры проводились Юлианом с хитрой политикой. Так, он говорил, что христианство запрещает употреблять меч. Как же он назначит на службу христианина и как тот будет служить, не нарушая своей веры? Желая стеснить образование христиан, Юлиан постановил, чтобы открывающиеся места учителей замещались кандидатами, утвержденными местными куриями. Это средство было действительным к устранению христианских учителей из тогдашних школ, так как сами курии состояли из язычников. В 42 письме к Проэресию [?], которого Юлиан пытался склонить к язычеству и предлагал ему место своего историографа, он последовательно рассуждает о неудобстве замещения учительских должностей христианами. По его письму, преподавание словесности без изучения классических образцов немыслимо; а кто изучает их, тому по необходимости приходится знакомиться с языческими религиозными взглядами и объяснять их. Но стоит ли христианину унижать себя из–за нескольких драхм? Поэтому пусть лучше преподавателями будут язычники, а христиане пусть в церквях толкуют Матфея и Луку. Эта мера Юлиана некоторыми была понята и истолкована в преувеличенном смысле, будто он вовсе лишил христиан классического образования. Но Юлиан только требовал, чтобы в училищах юношество обучалось под руководством риторов–язычников, а христиане родители сами не посылали своих детей в школу, где учителями были язычники. Впрочем, царствование Юлиана было непродолжительно и не успело положить большого отпечатка на образование христиан.
В своих отношениях к предстоятелям церквей Юлиан старался щегольнуть великодушием, но с целями благоприятными для язычества и вредными для христианства. Между христианами были разделения. Виновники этих разделений были сосланы, но Юлиан позволил возвратиться им, кто бы они ни были — православные или сектанты. Это мнимое великодушие Юлиан в кругу своих друзей объяснил тем, что никто так друг друга не ненавидит, как христиане, так что если их соединить и дать волю, то они будут грызться, как собаки. Поэтому Юлиан издал позволение возвратиться из места ссылок представителям как православия, так и всех христианских сект. В то время епископом александрийским был Георгий Каппадокиянин, проживавший вдали от Александрии — на востоке. На основании указа Юлиана, он возвратился в Александрию. Его возвращение вызвало бунт, ибо он отличался жестокостью, и дело кончилось тем, что он был убит населением города. Юлиан в письме к александрийцам сделал им строгий выговор за это убийство. Он повелел разыскать библиотеку Георгия александрийского и вручить ее ему, Юлиану, во всей целости. Дело в том, что при убийстве Георгия его дом был разграблен и имущество растаскано. По освобождении александрийской кафедры в январе месяце возвратился в Александрию св. Афанасий. Занявши кафедру, св. Афанасий деятельно стал приводить в порядок дела александрийской церкви. Вместо разделения он установил между христианами полное единомыслие. Под его влиянием даже некоторые из язычников стали принимать крещение. Видя, что дела александрийской церкви приняли хороший оборот, Юлиан напустил на себя вид оскорбленного величия. Он говорил, что им было дано разрешение — сосланным ранее епископам только возвратиться на родину, а не занимать свои кафедры, и что Афанасий не понял указа. А когда Афанасий обратил некоторых язычников, Юлиан в негодовании воскликнул: «И он осмелился окрестить некоторых , . е. знатных женщин?» Афанасий принужден был удалиться из Александрии, а потом и из Египта.
Но Юлиан не выдержал себя. Он только щеголял великодушием и по–видимому старался сблизиться с предстоятелями церкви; на самом же деле он не стеснялся подсмеиваться над ними. Он трунил над Марием халкидонским, который был слеп. Но Марий показал себя героем. Он прямо в глаза сказал Юлиану: «Благодарю Бога за свою слепоту, потому что имею счастие не видеть безобразия отступника». Юлиан отнесся к этому с видимым равнодушием. В Антиохии Юлиан явился неустойчивым. Здесь он посланиями старался возбудить ссоры между христианами и епископом. В 362 г. в Антиохии между христианами и язычниками возникли неудовольствия. Юлиан еще ранее писал в Бост–РУ епископу Титу, что он возлагает на него ответственность за беспорядки, производимые христианами. Тит отвечал императору, что христиане никогда не будут повинны в общем движении, что они послушны пастырю, и не было признаков каких–либо беспорядков. Юлиан отвечал христианам Антиохии, что они Унижают себя, не смея ничего сделать без епископа, что они потому живут смирно, что их сдерживает епископ.