При своем представлении о пред существовании душ, о свободе конечных существ как последней основе их определенного состояния, знаменитый александрийский учитель в учении о воплощении [как было уже выше сказано] имел дело с трудностями, ему одному свойственными. Душа Христова должна существовать раньше воплощения и заслужить (в известной степени) высокое блаженство личного соединения с Богом Словом. Действительно, между всеми сотворенными конечными духами только один показал совершенство свободы, никогда не уклонялся ко злу, постоянно совершенствовался в добре и ни на мгновение не прерывал Своего единения с Богом. Это был дух Иисуса. Через это высокое совершенство Он удостоился теснейшего единения с Богом Словом, так что они — едино, как душа и тело — одно. Как представлял это доисторическое единение человеческого духа и Слова Ориген, было ли это личною жизнью их, это неизвестно. В истории догмата Ориген знаменит тем, что первый ввел слово , богочеловек [De princ. II, 6, 3]. Вопреки докетизму, он хотел твердо сохранить действительность обеих природ во Христе. Он ясно учил, что Христос не только воплотился, но и вочеловечился, принял не только человеческое тело, но и разумную человеческую душу. Она составляет естественное посредство между абсолютным духом, Богом, и материальным организмом, телом, необходимое для их единения условие. Христос пришел спасти всего человека, всего человека Он должен и воспринять в единство с Собою. Но из антропологии Оригена вы видите, что он не был в строгом смысле трихотомистом: душа человека в своей глубине содержит чистое зерно духа, необходимо предполагает его самым своим существованием; но дух есть отрицание душевного; в духе нет души. К сожалению, Ориген не всегда держался этой терминологии точно, и его христология не ясна. По принципу, Христос не мог воспринять человеческой души; безгрешный дух Иисуса всегда пламенел любовию к Богу и не сделался душою. Разве только , в целях искупления, этот дух принял на Себя и душевные свойства, кроме греха, и вместе с Словом воплотился, отелесился в девственной утробе Марии. Как бы то ни было, но Ориген понимал не аллегорически, а в строго историческом смысле свидетельства Писания о постепенном духовном развитии человечества Иисуса, исполнявшегося премудростью и возрастом.
Цель воплощения — откровение Божества человечеству, освящение человеческой природы личным единением с Словом. Вся Его жизнь имела высший символический смысл, гностическое значение. Но страдания Христа — не призрак; они имели и высокое искупительное значение: на Себе понес Он грехи наши и претерпел то, что должны бы мы претерпеть. Оно простирается даже не на одних только людей, а на весь конечный мир. «Было бы нелепо думать, что Христос пострадал за людей, но не пострадал и за ангелов: ведь и самые совершенные между ними тоже не безгрешны: И звезды не чисты пред лицем Его (Иов. XV, 15)».
Для гностиков страдания Христа оставались камнем преткновения; не понял их в истинном смысле и Ориген. Они были искупительною жертвою за человечество, ценою, , но кому? Кто получил этот выкуп? «Он дал душу Свою ценою за многих (Матф. XX, 28). Но кому же именно? Конечно, не Богу, а разве только лукавому. Ведь он держал нас, пока не получил за нас в плату души Иисуса. Но он ошибся в своих расчетах: и получив, не мог овладеть ею и удержать ее». И таким образом лишился всего своего царства. Над нами он властвовал по справедливости. Душою Иисуса он хотел завладеть не по праву. Она послужила ему платою, для него самого бесполезною. В этом странном взгляде, от которого не свободен был и св. Ириней лионский, Ориген сближается с гностиками. Те тоже не могли понять положительной стороны искупительных страданий и потому всею силою ударяли на отрицательную — поругание над князем мира и его ангелами и разрушение дел их.
Эсхатология Оригена дошла до нас в крайне запутанном виде, благодаря цензорскому усердию Руфина, а отчасти нерешительности в заключительных выводах и самого Оригена. Миры сменяют друг друга, и воспитательные цели человечества достигаются постепенно. Кажется, Ориген думал, что существование каждого отдельного мира завершается частным судом, после которого «чистительный огонь», , довершает педагогическую роль странствования души в мире. Во всяком случае, после каждого мира достигается лишь частичное, а не всеобщее усовершенствование, плоды которого разрушаются иногда последующими новыми грехопадениями духов, так что последующий их и новый мир становится необходимостью.