На следующих двух заседаниях (15–16–е, 26 апреля и 9 августа) отцы, желавшие устранить всякие поводы к соблазнам и недоразумениям, имели дело с довольно своеобразными защитниками монофелитской доктрины. На первое приглашен был, по указанию епископа Прусиадского Дометия, проповедовавший ересь и смущавший народ своими рассказами о видениях престарелый монах Полихроний. На соборе Полихроний выступил с сумасбродным предложением воскресить мертвеца через возложение на него монофелитского исповедания. Собор нашел полезным для устранения его влияния на народ дозволить ему произвести этот опыт. Так как, несмотря на неудачу, Полихроний не отказался от монофелитства, собор провозгласил ему анафему. Другое заседание устроено было ради пресвитера Константина из Апамеи, который предлагал написать о вере, для водворения мира и любви, то, «что дал ему Бог», по — сирийски, чтобы затем это переведено было для собора на греческий язык. Отцы потребовали, чтобы он сейчас же высказался о вере, если для этого пришел на собор. Догматические воззрения его оказались довольно спутанными. При двух природах во Христе он соглашался признать и два действия, если только действия есть то же, что и свойство . Но волю во Христе он признавал только одну, и по Воплощении — волю Лица , на том основании, что у Отца, Сына и Духа Св. одна воля. Из дальнейших расспросов выяснилось, однако, что он приписывает Христу и природную волю, и не только божественную, но и человеческую, но последнюю Он имел только до креста и потом «оставил ее и совлек с Себя вместе с кровью и плотью». Такое учение он слышал, по его словам, от Макария. При своем мнении он хотел оставаться и впредь и был предан анафеме.
Наконец, на двух последних заседаниях (17–18–е, 11 и 16 сентября) было читано составленное к этому времени догматическое определение собора, сначала лишь перед отцами собора, в присутствии сановников, а затем еще раз в присутствии самого императора (« »). Сказав о своем согласии с пятью Вселенскими соборами и приведя Символы 318–ти и 150–ти отцев, собор указывает на появление нового заблуждения и принимает послания Агафона и его собора, а затем сначала повторяет с некоторыми дополнениями часть Халкидонского вероопределения, потом дает свое изложение учения о двух природных волях и энергиях. Человеческое хотение во Христе характеризуется как не противоречащее или противоборствующее, но, напротив, подчиняющееся Его божественному всемощному хотению. Имея плоть, Логос имел и естественную волю плоти , об этой воле Он говорит в словах: «Снидох, не да творю волю Мою». После отцев подписал и император , к которому обращено было особое приветственное слово от собора ( . Папе Агафону собор адресовал послание с известием о ниспровержении ереси и об анафемах на ее защитников, в том числе и Гонория.
Император подтвердил решение собора своим декретом, который был выставлен в одном из притворов Великой церкви; несогласным угрожалось духовным извержением, светским должностным лицам — конфискацией имущества и лишением звания, частным — изгнанием из городов. С легатами, которые еще долго оставались в Константинополе и прибыли в Рим уже в июле 682 г., от императора посланы были два письма (от 13 и 23 декабря 681 г.), одно на имя нового папы Льва II (Агафон умер 10 января 681 г., Лев посвящен по прибытии послов, 17 августа 682 г.), другое на имя Римского собора. Папа отвечал заявлением о полном согласии с собором и извещал о выполнении данного ему императором поручения об увещании присланных для этой цели в Рим монофелитов. С анафемой на Гонория — о чем сам собор в послании в Рим выражался кратко, император же, назвавший в декрете Гонория «утвердителем ереси» , в своих письмах не упоминал, — в Риме тоже вполне согласились. Лев сам даже отозвался о нем, что «он не просвятил сей Апостольской церкви учением Апостольского предания, но profana proditione immaculatam fidem subvertere conatus est».[34] Подобным же образом выразился он в посланиях к епископам и королю Испании («flammam haeretici dogmatis… neglegendo confovit, immaculatam opem traditionis… maculari consensit»).[35]