Скоро, однако, дела приняли совсем иное направление. Господствующая партия поспешила употребить все средства, чтобы отразить непредвиденный удар и достичь полного торжества. Сам Евтихий, согласно заявленному им ранее намерению, апеллировал к папе Льву, отправив ему свое изложение веры и выписки из отцев против учения о двух природах (подложные: пап Юлия и Феликса, Афанасия Великого, Григория Чудотворца). Обращался он и к другим епископам (Петру Равеннскому, несомненно — и к восточным). Папа сначала стал было на сторону Евтихия (18 февраля), но когда после некоторого замедления акты по делу Евтихия получены были наконец в Риме, выразил согласие с решением собора (21 мая). Но, поддерживаемый императором и Диоскором, Евтихий мог надеяться на реабилитацию и независимо от папы. По предъявленному против Флавиана Евтихием обвинению в несторианстве император потребовал (весной 449 г.) от самого Флавиана исповедания веры. Флавиан подтвердил признанное им на соборе учение ( — ), не отвергнув, однако, и спорного выражения , но с непременным дополнением — ( , ); Нестория и всех учащих о двух Сынах или двух ипостасях и лицах он анафематствовал. По мысли Диоскора, дело Евтихия должно было быть рассмотрено на Вселенском соборе, и 30 марта Феодосии издал указ о созвании 1 августа в Ефесе Вселенского собора. Акты собора 448 г., осудившего Евтихия, между тем были заподозрены в неточности, и по просьбе Евтихия император приказал произвести пересмотр их в собрании епископов под председательством Фалассия Кесарийского и в присутствии уполномоченных Евтихия (8, 13 апреля). Каких — либо важных неточностей, однако, не оказалось. Обвиняли еще собор и в том, что бумага об осуждении Евтихия была составлена еще до суда над ним (27 апреля). В это же время обнаружилось в Эдессе недовольство Ивой; народ его более не хотел принимать и требовал низложения. Президу Херею поручено было рассмотреть дело на месте (разбор был в апреле 12, 14, 18). Потом оно было включено в круг дел, предназначенных к решению на предположенном Вселенском соборе (27 июля).
От Ефесского собора 449 г. («Latrocinium» [ «Разбойничий»], как назвал его папа Лев Великий в письме к императрице Пульхерии от 20 июля 451 г., « » — у Феофана) сохранилось в греческом подлиннике деяние первого его заседания, бывшего не 1 августа, как назначалось это в указе, а 8 числа, читанное на Халкидонском соборе и занесенное в его акты. Затем, в сирийском переводе известно еще деяние другого заседания, от 22 августа; часть его была издана по рукописи Британского музея еще в 1867 г.
Для собора была поставлена вполне определенная задача — окончательно уничтожить несторианство, причем под понятие «несториан» подводились все без различия, не признававшие одной природы после Воплощения: не только не отказавшиеся de facto от сочувствия Несторию восточные, но и совершенно православные Флавиан и Евсевий Дорилейский. Все было уже заранее направляемо к тому, чтобы устранить по возможности все препятствия к достижению этой цели и обеспечить полную победу над противниками.