Выясненное, однако, уже вскоре после смерти неправославие его догматических взглядов было причиной того, что из плодов его литературной деятельности доныне сохранилось лишь немногое. Подобно Диодору, он излагал основы своей герменевтики в особых сочинениях (De allegoria ex historia contra Origenem, De obscura lectione) и писал толкования почти на все священные книги. Но в греческом подлиннике имеется лишь комментарий на малых пророков, затем, в латинском переводе, — на послания ап. Павла (1880–1882, за исключением Посланий к Римлянам и к Коринфянам) и в сирийском — на Евангелие от Иоанна (1897). Из прочих комментариев и других сочинений известны лишь отрывки. Из догматико — полемических сочинений 15 книг о Воплощении (против евномиан и аполлинаристов) написаны им еще во время пресвитерства; тогда же написаны две особые книги против Евномия. Против аполлинарианства он выступал с особым сочинением в конце жизни (De assumente et assumpto). По поводу пелагианского спора он писал сочинение против Иеронима («Против тех, которые говорят, что человек грешит по природе, а не по собственной воле»). Известен по названиям и отрывкам целый ряд и других сочинений.
В своей экзегетике Феодор со всей последовательностью проводит принципы Антиохийской школы, доходя до крайностей при оценке содержания библейских книг, в своем стремлении устанавливать везде исторический смысл и в отвращении к аллегории (отзывы о книге Иова как составленной по образцу языческих драм, о Песни песней как простой свадебной песне Соломона). Догматика Антиохийской школы с христологией в центре получает у него своего рода спекулятивное обоснование и развивается в рамках общего религиозно — философского воззрения в духе аристотелевского реализма и, может быть, под прямым влиянием аристотелевской философии.
В то время как Ориген, каппадокийцы и александрийские богословы настоящее состояние мира и человека считают уклонением от их первоначального идеального состояния, следствием греха, и соответственно этому цель процесса и задачу искупительного дела Христа полагают в восстановлении этого первоначального состояния, Феодор настоящее эмпирическое состояние и считает первоначальным. Оно есть именно , которому не предшествовало какое — либо другое. Изменяемость мира и смертность человека не составляют следствия грехопадения, но непосредственно даны в самой природе по ее первоначальному божественному устроению; хотя смерть и возвещается Адаму как наказание за грех, но это делается лишь в педагогических целях, на деле Адам был смертен уже по природе. С точки зрения Феодора, можно сказать, что собственно и грех как проявление свободной воли человека, при изначальной изменяемости его природы, был implicite в этой природе. Но за этим первым несовершенным состоянием должно по божественному намерению последовать затем второе состояние — совершенство, , в котором не будет уже тления и смерти и вообще тех недостатков, какие мы видим ныне.
Человек объединяет в себе духовную и материальную природы и является как бы микрокосмом и центром великого мира, он должен будет сделаться совершенным образом Бога в том смысле, что все в мире должно будет служить и обращаться к нему как своему центру и последней цели мироздания. Войти в это новое состояние и осуществить в себе вполне образ Божий сам человек, при своей слабости и изменяемости, своими лишь усилиями не может. Нужен для этого особый акт божественного всемогущества, и именно это последует в будущем всеобщем воскресении мертвых. Прежде всего это осуществлено во Христе, в Котором Его человечество уже являет истинный образ Бога и Который силой соединившегося с Ним божественного Логоса воскрешен из мертвых и возведен в состояние нетления и высшего совершенства. В Нем теперь возглавлено все, и Он как человек является предметом поклонения всей твари. Подражание Христу и общение с Ним является залогом и средством к достижению того же блага в будущем и для других людей. Но если воскресение Христа и воскресение при конце мира других людей обусловливается сверхъестественным актом, то этим не отрицается необходимость нравственной свободной деятельности и самостоятельных усилий человека в стремлении к предназначенному для него совершенству. В отношении и к самому Христу, и в отношении к другим людям Феодор с особой силой настаивает на необходимости нравственного подвига: конечное изменение природы должно быть наградой за свободную деятельность воли.