В определении времени мученической кончины Игнатия антиохийского ученые колеблются между 104 и 116 гг., т. е. спорный период обнимает собою большую часть царствования Траяна, а в одном из новейших исследований {A. Harnack, Die Zeit des Ignatius und die Chronologic der antiochenischen Bischofe. Leipzig 1878) высказана догадка, что Игнатий пострадал, быть может, даже не при Траяне, а при Адриане (полное имя Адриана — Imperator Caesar divi Trajani parthici films, divi Nervae nepos. [Publius Aelius] Trajanus Hadrianus Augustus). Но это воззрение не встретило сочувствия среди ученых. В данном случае спор относительно времени смерти св. Игнатия вытекает из предубеждения против хроники Евсевия. Гарнак был поражен тем обстоятельством, что имена антиохийских епископов заносятся на четыре года спустя в сравнении с именами римских епископов. Он старался доказать, что это пикантное однообразие возможно лишь при подборе и корректуре годов. Но контрапроба Ляйтфута (J. В. Lightfoot, The Apostolic Fathers. Part II. S. Ignatius. S. Polycarp. Vol.1—III. London 1892) показала, что однообразие цифр не должно смущать историка; он приводит в пример перечень кентерберийских епископов, в котором часто фигурирует цифра 10. Та же странность замечается и в гражданской истории, например, в последовательной смене правлений во Франции после революции (1793, 1804, 1814, 1824). Таким образом, попытка потрясти хронологию антиохийской церкви не привела ни к каким результатам. Тем более странно сомневаться в датах Евсевия, что этот последний прямо сознается в своем бессилии, где он не может указать настоящих дат, как, например, относительно иерусалимского епископата.
Подробности мученической кончины Игнатия Богоносца исторически очень смутны. До нас дошли два подробных сказания об его кончине (martyria), существенно различные друг от друга. По первой редакции (так называемое martyrium Colbertinum: « »), Игнатий в самой Антиохии императором Траяном осужден был на съедение зверям, и уже осужденный, отправлен в Рим, где и скончался мученически в цирке в 107 году 20 декабря. По другой редакции (martyrium Vaticanum: « »), напротив, предполагается, что почему-то Игнатий отправился в Рим еще до процесса над ним, здесь в Риме представлен на суд императора, посрамил императора и сенат, осужден и скончался мученически в римском цирке. Обе эти редакции согласно полагают мученическую кончину Игнатия в Риме. Но существует еще третье, смутное, правда, предание, записанное в одной сирийской рукописи и в хронике Иоанна Малалы, что Игнатий Богоносец скончался мученически в самой же Антиохии. На сторону этого последнего предания склоняется и Обэ. Но сохранившееся послание Игнатия к Римлянам и тот факт, что предание антиохийской церкви времени Златоуста говорит о мученической кончине Игнатия в Риме, отстраняют последнюю редакцию (в хронике Малалы). В конце концов приходится склоняться к тому, что встреча Игнатия Богоносца с Траяном произошла не в Риме, а в Антиохии. Требуется лишь отыскать, когда Траян был в Антиохии?
То и другое мученичество (Colbertinum и Vaticanum) указывают, как на время встречи Игнатия с императором, на 9-й год царствования Траяна, т. е. на 106 г. Отсюда предполагают, что и то и другое мученичество составлены по хронике Евсевия, где кончина Игнатия отнесена к 10 или, по некоторым спискам, к 9 году. Евсевий, может быть, выбрал этот год потому, что он представляет средину царствования Траяна. Однако 9-й год, принятый в martyrium Colbertinum и Vaticanum, не согласен с другими историческими известиями: нет никакой возможности по существующим в настоящее время историческим памятникам доказать, что в 106 или 107 г. Траян был в Антиохии. Присутствие императора в Антиохии несомненно падает на 114 и 115 гг. В октябре 113 г. он отправился в парфянский поход и в Рим не возвращался, потому что на обратном пути в 117 году скончался. Во время пребывания в Антиохии в 115 году, в январе или феврале, случилось страшное землетрясение. Один из консулов этого года, Marcus Vergilianus Pedo, погиб под развалинами какого-то здания. Сам император едва спасся в окно. Таким образом, наступило очень тревожное состояние умов и весьма возможно, что оно и послужило поводом к мученической кончине Игнатия. Ожесточенный бедствием народ мог потребовать смерти «безбожникам», и антиохийская церковь должна была выставить из своей среды жертву — своего епископа. Траян отдал его на растерзание зверям в Риме: причины этого необъяснимы, но такова была воля императора. Во всяком случае, если бы Игнатий был осужден и проконсулом в Антиохии, то его отправка в Рим все-таки не совсем понятна: нет никакого основания думать, что Игнатий принадлежал к числу римских граждан, о которых проконсул не властен был произнести окончательное решение, как это видно из письма Плиния. Сам Игнатий к императору, несомненно, не апеллировал. Остается одно возможное предположение: не заявил ли апелляции за Игнатия кто-нибудь другой?