Танки LT vz.38 были формально приняты на вооружение, но в подразделения чехословацкой армии поступить не успели — 15 марта 1939 года Чехию и Моравию оккупировали немецкие войска. Новым заказчиком этих боевых машин стал гитлеровский Вермахт, и не случайно. Собственное танковое производство в Германии сильно отставало от потребностей армии. Так, например, общий заказ на средние танки Pz.III составлял 2538 единиц, из которых к 1 марта 1939 года в войска должно было поступить 244. Однако реально военные приняли только 45 машин! В такой ситуации немцы не могли оставить без внимания боевую машину, серийное производство которой практически уже началось. И хотя LT vz.38 не во всём соответствовал немецким стандартам, на это можно было закрыть глаза, ведь по вооружению и бронированию лёгкий чехословацкий танк был аналогичен среднему немецкому Pz.III. Поэтому уже к августу 1939 года Pz.38(t) укомплектовали 67-й танковый батальон 3-й лёгкой дивизии Вермахта, которая накануне Польской кампании входила в состав 15-го лёгкого корпуса 10-й полевой армии группы армий «Юг». Всего к началу Второй мировой войны фирма ВММ изготовила 78 Pz.38(t), 57 из них поступили в 67-й батальон — 55 Pz.38(t) и 2 Pz.Bef.38(t).
3-я лёгкая дивизия действовала на правом фланге 10-й армии. Прорвав польскую оборону в районе Ченстоховы, она начала продвигаться в направлении Конецполя, где была атакована эскадронами Краковской бригады кавалерии. В этом бою, закончившемся плачевно для польской конницы, были подбиты два танка Pz.38(t). После форсирования р. Пилица 3-я лёгкая дивизия участвовала в операции по пресечению попытки отхода польских войск от Радома за Вислу. В 20-х числах сентября дивизию перебросили под Модлин, где она и встретила окончание Польской кампании. За время боёв было безвозвратно потеряно семь танков Pz.38(t).
После завершения боевых действий в Польше все лёгкие дивизии Вермахта переформировали в танковые. 3-я лёгкая дивизия стала 8-й танковой, а 67-й танковый батальон развернули в 10-й танковый полк.
По данным, приводимым в зарубежных источниках, в операции по оккупации Дании и Норвегии приняли участие 15 танков Pz.38(t).
Накануне Французской кампании (операция «Гелб») танки Pz.38(t) имелись в составе 7-й и 8-й немецких танковых дивизий. По состоянию на 10 мая 1940 года в первой из них насчитывалось 34 танка Pz.I, 68 Pz.II, 91 Pz.38(t), 24 Pz.IV и 8 Pz.Bef.38(t); во второй — 58 Pz.II, 116 Pz.38(t), 23 Pz.IV и 15 Pz.Bef.38(t).
В боях особенно отличилась 7-я танковая дивизия, которой командовал генерал-майор Эрвин Роммель. После форсирования р. Мёз 7-я танковая 15 мая близ Флавиона нанесла поражение 1-й французской бронетанковой дивизии (1.DCR). Конечно же, лёгкие Pz.38(t) немцев были бессильны в открытом бою против тяжёлых французских В1bis. Они выиграли бой за счёт превосходства в тактике, манёвре, а также инициативе младших командиров. Ну и, наконец, командир немецкой танковой дивизии был явно талантливее своего французского коллеги. Спустя пять дней 7-я танковая вышла к Ла-Маншу в районе Абвиля, отрезав Британские экспедиционные силы от их базы в Шербуре. 22 мая танкисты Роммеля отражали ожесточённые, но безуспешные контратаки англичан в районе Арраса. Завершилась Французская кампания для дивизии в Шербуре. Что касается 8-й танковой дивизии, то в боях у Ретеля и Шамона её главным противником стала 3-я французская механизированная дивизия (3.DLM).
За время Французской кампании потери 7-й и 8-й танковых дивизий в чехословацких боевых машинах составили 54 единицы, из них шесть танков были потеряны безвозвратно.
В апреле 1941 года танки Pz.38(t) 8-й танковой дивизии приняли участие в операции «Марита» — нападении на Грецию и Югославию. Дивизия наступала с территории Австрии и Венгрии и действовала в основном в Хорватии, население которой встречало немцев как освободителей. Окончание боёв на Балканах, последовавшее 27 апреля после капитуляции Греции, 8-я танковая встретила в Сараево, потеряв за время операции семь танков.
В операции «Барбаросса» принимали участие 17 немецких танковых дивизий. Шесть из них были вооружены чехословацкими танками: 6-я танковая — Pz.35(t), остальные — Pz.38(t).