Раскопки в Кремле велись и позднее, но их результаты не афишировали. В 1978 году у Большого Кремлевского дворца во время рытья траншеи откопали подземную комнату примерно в девять квадратных метров с кирпичными сводами, где лежал человеческий скелет. В начале 1980-х годов был раскопан забитый землей 40-метровый тоннель, стены которого украшали многоцветные изразцы.
В 1989 году на месте, где раньше высилась одна из церквей взорванного Чудова монастыря, обнаружили старинный склеп. В каменном саркофаге лежала восковая кукла в человеческий рост, одетая в военный мундир. Это было захоронение великого князя Сергея Александровича, погибшего в 1905 году при взрыве бомбы, брошенной Каляевым. Так как от тела мало что осталось, в саркофаг уложили куклу, одетую в мундир Сергея Александровича, а останки собрали в сосуд и поместили в изголовье.
«
Теперь мечта Стеллецкого сбылась: такой музей есть! Это Музей археологии Москвы на Манежной площади. Он находится под землей на глубине семи метров на месте археологических раскопок девяностых годов. Самая примечательная часть экспозиции — опоры старинного Воскресенского моста через Неглинку времен Ивана Грозного. Кроме того в музее представлены интереснейшие артефакты, обнаруженные археологами: предметы средневекового быта и вооружения москвичей, коллекция изразцов, ценные предметы из невостребованных кладов, предметы культа из некрополя Моисеевского монастыря.
Карты и описания подземной Москвы начали составлять с конца XVIII века. То, что задокументировано, — это в основном колодцы, русла убранных в трубы рек и ручьев, канализационные коллекторы, то есть сооружения чисто утилитарного назначения.
О подземной Москве много рассказывал известнейший бытописатель Владимир Гиляровский. Предметом его исследований были подземные кабаки и притоны, а также русло реки Неглинки. Места эти были грязными во всех отношениях, ну а Неглинка вообще могла считаться московским аналогом римской клоаки.
Первые попытки строительства канализации в Москве были предприняты еще в XIV веке: тогда для спуска нечистот был прорыт канал из Кремля к злосчастной Неглинке.
Горожанам же полагалось сливать нечистоты в выгребные ямы, откуда их вычерпывали золотари-ассенизаторы и в кадках вывозили подальше за город. Но золотарям надо было платить, поэтому несознательные горожане то и дело норовили вывалить мусор куда-нибудь подальше от глаз или прорыть под домом каналец, чтобы спускать всю грязь в близлежащую речку. Так были совершенно загублены Неглинка и Самотека и изрядно загажены Яуза и Москва-река: чтобы избежать вони, мелкие реки приходилось перекрывать сводами и убирать под землю.
В 1874 году в Московскую городскую думу были представлены «Проектные начертания канализации г. Москвы», которые долго обсуждались, но так и не были утверждены. Прокладка канализационной сети началась лишь двадцать лет спустя при городском голове Николае Алексееве, человеке кипучей деятельности и большого ума. С тех пор канализация постоянно строится и расширяется, и сегодня ее общая длина равна расстоянию от Москвы до Новосибирска. Подробнее об истории московской канализации желающим расскажут в Музее Воды в Крутицах, располагающемся в здании старинной насосной станции.